成立于2001年6月的上合组织主要目标之一是维护和保障地区的和平、安宁与稳定。作为从地区安全起步的区域性合作机制，上合组织从成立之初就将反恐作为既定目标，是最早举起反恐旗帜的国际组织。

在2001年6月上合组织成员国元首共同签署的《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》中，规定了有关合作的具体方式和程序，为联合打击“三股势力”奠定了法律基础。2006年6月，设在乌兹别克斯坦首都塔什干的上合组织地区反恐机构正式启动，表明上合组织反恐合作完成了机制建设，进入了务实合作的新阶段。

近年来，联合军事演习逐步成为上合组织反恐合作的重要形式，并不断推动反恐合作向务实层次深化。自2002年起，在上合组织框架内，各成员国武装力量或执法力量多次举行了以反恐为主题的双边和多边联合演习，增强了军事和安全领域的相互信任，提高了共同应对新威胁、新挑战的能力。

2002年10月，中国与吉尔吉斯斯坦在两国边境地区举行联合反恐军事演习，这是上合组织框架内首次举行的双边联合军事演习。2003年8月，上合组织成员国武装力量在哈萨克斯坦和中国境内举行联合反恐军事演习，这是上合组织框架内首次举行的多边联合反恐演习。

此后，中国与俄罗斯、乌兹别克斯坦、哈萨克斯坦和塔吉克斯坦举行了双边反恐军事演习。2007年8月，上合组织成员国武装力量举行了代号为“和平使命-2007”联合反恐军事演习，这是上合组织成立以来规模最大的一次联合反恐实兵演练行动。

“和平使命-2009”中俄联合反恐军事演习将成为两国在上合组织框架内举行的第二次双边反恐军事演习。双方参加实兵演练兵力以陆、空军为主，各1300人。上合组织其他四个成员国高级军事代表团和上合组织秘书处秘书长、地区反恐机构主任将应邀观摩这次演习。

外交部发言人秦刚在谈到此次演习时说，加强在反恐领域的合作，是中俄战略协作伙伴关系的重要内容，也是两国为维护本地区以及两国的和平、稳定与安宁所作的积极贡献。

“和平使命-2009”演习中方总导演、解放军副总参谋长马晓天空军中将希望通过这次演习，进一步加强中俄两军全面、更深入的务实合作，彰显两国反对国际恐怖主义和地区恐怖主义的决心和能力。