那时候，一些小股的圣战者战士——由巴基斯坦军方组织——开始进入苏联领土活动！苏联人于是暗中警告巴基斯坦政府“不要走得太远”，因此以后类似的行动被取消。但是巴阿边界上空的局势却依然紧张，特别应该指出的是，巴基斯坦飞行员变得大胆起来，开始深入阿富汗领空。1987年4月，阿富汗空军司令阿卜杜尔.卡迪尔少将称巴基斯坦的战斗机至少30次侵入了阿富汗领空，巴基斯坦否认了这种说法，但是很多报告都表明阿富汗人没有说谎，尤其是接下来的一次空战，这次空战发生在1987年4月29日。那天早晨，第120航空团的四架MiG-23MLD，由波其陶金少校带领对德贾瓦尔地区的一条小路进行布雷，这条小路被圣战者们用来从巴基斯坦运送补给品。这时巴空军第9中队的两架F-16A出现，开始向他们攻击。MiG机——显然没意识到危险——在中空投下炸弹后转弯爬升，这时F-16长机发射了一枚AIM-9L。根据巴基斯坦方面的说法，跟在MiG机后面的F-16僚机（驾驶员可能是沙西德.西坎德尔中尉）随敌机一起转弯，不幸飞到了“响尾蛇”导弹的前方，导弹将其锁定并击中了他。西坎德尔跳伞，降落在阿富汗境内，幸运的是他降落在了圣战者控制的地区，随即便被送回了巴基斯坦，一同被送回的还有他驾驶的F-16的一片机翼，翼尖上还挂着一枚“响尾蛇”导弹。而根据苏联方面的看法，很可能是在经过“某种方式”的空战后，MiG编队中的某位飞行员击落了F-16A，但是由于与巴基斯坦战斗机的空战是被禁止的，所以他们并没有正式宣布这种说法。他们的另外一种看法是这架F-16被击落是因为他恰巧飞到了由MiG机投下的密集的集束炸弹群中。

根据未经证实的消息，当月在克霍斯特地区，巴基斯坦空军的F-16还击落了另外两架An-26和四架Mi-8，他们的行动无疑是非常成功的，但是很快的，巴基斯坦最高指挥部就下令禁止对阿富汗领空的进入，巴基斯坦空军的任务被限制为仅仅是截击入侵的苏联和阿富汗飞机。尽管如此，在1987年8月，阿富汗政府宣布巴基斯坦的一架F-16A在克霍斯特附近击落了一架载有平民的An-26运输机，但是巴基斯坦政府从未证实过这一声明，直到今天也还不清楚这个声明是否属实。不过毫无疑问的是，苏联、阿富汗与巴基斯坦之间有很长时间没有再发生空战。

苏联和巴基斯坦之间的战斗

1987年的晚些时候，阿富汗的形势发生了逆转。大量的FIM-92A“毒刺”导弹被送到圣战者手中，这使得苏军的空中力量处境艰难，他们不得不命令飞行员在高空飞行，要么就在晚上行动。由于大量的飞机被“毒刺”击落，苏联人现在既不能有效地控制阿富汗的乡村地区，也不能保证向阿富汗-巴基斯坦边界的据点持续空运物资。不仅如此，在阿富汗空军中还涌动着不安的暗流，一系列的叛乱接踵而至，目标直指阿富汗政府。1987年10月3日，两架阿富汗空军的Mi-4飞到了巴基斯坦，降落在奇哈尔附近地区，尽管后来两架直升机被送回阿富汗，但是机组成员受到了政治庇护。此后不久，又发生了一架阿空军的Su-22企图轰炸喀布尔阿总统府的事件。尽管在1987年8月，为了加强第120航空团的实力，第168航空团的MiG-23MLD截击机进驻了巴格拉姆空军基地，但这个调动被认为还不足以防止以后再发生类似的攻击事件，苏联空军不得不将一个中队的MiG-29也调至该基地，这个中队的唯一任务就是保卫喀布尔。这个预防措施很快就证明了它存在的必要性，就在MiG-29抵达阿富汗几个星期以后，四名阿富汗飞行员驾驶他们的Su-22战斗轰炸机试图轰炸阿富汗总统的住所，但他们遭到了拦截，在几分钟之内就被全部击落。1987年底，圣战者们开始围攻克霍斯特，于是苏联空军将装备Tu-22M-3的第185轰炸机团调至土库曼斯坦苏维埃共和国的玛莉-2空军基地，这个团以小分队的形式展开了一系列的攻击，每次行动都向抵抗运动的阵地投下200吨炸弹，他们甚至动用了重3，000公斤的FAB-3000重镑炸弹。由于轰炸行动靠近巴基斯坦边界，原驻在欧泽诺尔的第341电子战轰炸机团的四架Tu-22PD也调至了玛莉-2空军基地，这些飞机装备了强有力的电子干扰设备，这些设备实践证明是桌有成效的，当Tu-22执行轰炸任务的时候，巴基斯坦的截击机一次也没有发现并接近他们。

到了1988年春天，阿富汗的局势没有发生太大的变化：克霍斯特仍处于包围中，但是抵抗运动也没有能力将它攻陷，苏军的轰炸在持续——并不频繁，但每一次都很猛烈，这样的情况一直持续到苏联人开始撤军为止。最先撤离的是驻扎在巴里考特地区的部队——于1988年4月23日——撤向贾拉拉巴德，苏联人希望撤军能够井然有序，在平静的环境中进行。但是事与愿违，圣战者开始向贾拉拉巴德发起一系列的猛攻，造成了重大的伤亡。5月间，苏联人开始从阿富汗南部和西南部撤出部队，但不是直接撤走，撤出的部队有很大一部分投入到了贾济地区的新战斗中，在那里活跃着很大一支抵抗运动的部队。6月24日，一小队抵抗运动的战士组织了一次完美的对喀布尔机场的袭击，摧毁了8架Su-25，在接下来的几天里，巴格拉姆空军基地开始受到经常性的火箭袭击。尽管如此，苏联人还是展开了对喀布尔政权的大规模援助，在接下来的几个月里，数百吨的武器弹药和其他物资被空运到阿富汗，而且，从1988年7月下旬开始，苏联飞机开始了对巴基斯坦境内抵抗组织营地的新的袭击。其中的一次行动以灾难而告终。