1989年2月15日， 最后一批苏联军队被空运撤出阿富汗，从而结束了与圣战者叛军长达9年的苦战。 此前几天，已有数千名士兵离开了这个国家，其中许多士兵乘着坦克和装甲运输车越过了阿姆河边界。

阿富汗正像一个不断发生爆炸的火药桶，苏联和美国不断地将正在嘶嘶冒烟的炸弹丢进去，而阿富汗政府军和游击队则立即接过来再扔向对方，使得盘旋在阿富汗上空的硝烟日益浓郁。

1988年3月2日，举世关注的阿巴日内瓦间接会谈终于开始。由于这将是最后一轮会谈，所以各种敏感的问题纷纷出现，从而使得会谈的进程也不得不放慢下来。阻碍签约的最大问题是停止援助问题，而双方都不肯在此问题上让步。阿富汗认为，在苏联撤军后，阿富汗有权接受苏联的军事援助。苏联也声称，苏将在撤军后，继续向阿提供援助。美国则认为，美国停止援助后，苏联仍然援助阿富汗政府是不合理的，如果这样，美国也将继续援助抵抗组织。最后，双方达成妥协：为了平等，代替禁止提供武器的惟一方法是彻底放手继续提供武器。

1988年4月14日，苏联、阿富汗、美国、巴基斯坦四方终于在日内瓦签署了关于阿富汗问题的协议。按协议规定，苏联自1988年5月15日起撤军。8月15日前撤出一半军队，9个月内完成全部撤军；巴基斯坦和喀布尔政权相互尊重主权、政治独立和领土完整，互不使用武力；美国和苏联支持这一政治解决方案，尊重巴基斯坦和喀布尔政权的主权独立、领土完整和不结盟政策；喀布尔政权采取一切必要措施确保难民自愿返回家园。日内瓦协议的签订标志着苏联对外政策的重大转折和阿富汗人民抗苏斗争的胜利，但协议没有为解决未来阿富汗的政体问题作出妥善安排。协议签字以后，抵抗力量宣布不予承认，而苏美表示将继续向阿作战双方提供军事援助，这就埋下了后来阿富汗内战的隐患。1988年8月15日，苏联顺利完成了第一阶段撤军。撤军开始之后，各抵抗组织开始广泛出击，夺取大小城镇。到11月初，抵抗力量共解放了塔哈尔、卡比萨、库纳尔、巴米安，帕克蒂亚5省和楠格哈尔、坎大哈省的绝大部分地区及近百个城镇，北部接近苏阿边境的重镇昆都士也曾一度落入游击队之手。抵抗力量的凌厉攻势引起苏联的不安。8月15日以后苏联放慢了撤军的步伐，11月正式宣布暂停撤军，同时再度向游击队发动强大攻势，从境内动用“逆火”式轰炸机向游击队阵地狂轰滥炸。撤军的波折招致世界舆论的普遍指责。事实上，苏联此举意在暂时巩固喀布尔政权的地位，无意改变按时撤军的初衷。1989年2月15日，阿富汗北部山区下着鹅毛大雪，一支由70辆坦克和装甲车组成的苏联车队，在没有举行任何欢送仪式的情况下，冷冷清清地驶离了阿富汗北部边境城市海拉顿。莫斯科时间9时55分，当最后一辆装甲车驶过阿苏边境的阿姆河大桥时，驻阿苏军司令格拉莫夫中将从车上跳下来，向围上来的塔斯社记者宣布：“我是最后撤出阿富汗的苏军中的一员。”这场梦魇般的战争结束两年之后，苏联，这个曾经不可一世的庞大帝国解体了，像那场战争本身一样，成为了历史的名词。