萨卡什维利1995年回国并当选为议会议员，2000年10月任司法部长，2001年因对政府内存在的腐败现象不满而辞职。随后，他组建“民族运动党”（现称“统一民族运动党”），并在2002年6月的第比利斯市地方议会选举中获胜，当选第比利斯市议会议长。

2003年11月初，格鲁吉亚举行议会选举。由于抗议选举计票工作中的“舞弊”行为，萨卡什维利作为反对派领袖之一，组织了声势浩大的示威游行，迫使时任总统谢瓦尔德纳泽辞职。随后，格反对派联盟推举萨卡什维利为总统候选人，参加2004年1月4日举行的总统选举。此次选举中，萨卡什维利大获全胜。2004年1月25日，他正式出任格鲁吉亚总统，任期5年。