1968年8月，根据毛泽东关于让老同志学习、了解“文化大革命”“大好形势”的指示，中央办公厅组织了一批老同志到中央警卫团“支左”的北京二七机车车辆厂、北京新华印刷厂等工厂去蹲点调查。陈云被安排到新华印刷厂。同时下去的还有陈毅、徐向前、聂荣臻等人。

1968年10月，中共八届扩大的十二中全会在北京召开，这又是对老干部的一场高层批斗会。会议一开始，就分组围攻所谓“二月逆流”的老同志，围攻所谓“一贯右倾”的朱德、陈云、邓子恢、王稼祥。这次对陈云猛烈开火的是谢富治。10月17日，在第一小组会上，谢富治说:“我们回想一下，陈云同志在七千人大会上，主席三次叫他发言，他说没调查没发言权，后来不到一个月做了个黑报告反主席、反大跃进、反总路线。”“按陈云同志的报告搞下去，不知成什么样子。刘、邓搞反革命修正主义，朱德同志、陈云同志也是搞修正主义的。‘二月逆流’这些人不死心，还要为他们服务。”谢富治最后总结说:“陈云同志多年不做工作，刘少奇突然抬出他搞经济小组，收拾‘残局’，就是搞修正主义。陈云同志搞些什么，多赚钱、卖花布、炒肉片、高价商品。陈云同志一贯反毛主席，休息也不干好事。这些事情都要清算。”

1969年4月，中国共产党第九次全国代表大会在北京举行。林彪、江青集团的主要成员都进入了新的中央政治局，而1931年就担任临时中央政治局常委、1934年在中共六届五中全会上当选中央政治局常委后一直位于中央领导核心的陈云，第一次离开了中央领导岗位，仅被保留了中央委员的名义。林彪却成为党中央副主席。

1969年10月，中苏即将举行两国边界谈判，根据毛泽东关于国际形势有可能急剧恶化，防止苏联利用谈判之机进行突然袭击，特别是核武器打击的估计，中共中央做出了紧急疏散在京中央领导人和老干部的指示，要求这些人在10月20日，即中苏谈判开始以前离开北京。于是，毛泽东前往武汉，林彪去了苏州，朱德、陈毅、徐向前、聂荣臻等老帅被安置到京广线两侧的城市。64岁的陈云被通知疏散到江西。同时疏散到江西的还有:邓小平、王震、何长工、萧克、陈再道等。可以看出，这些人大都属于被批判而未被完全打倒的对象。

起初，陈云被告之必须自己买火车票走，不再享受国家领导人应有的公务专厢。由于陈云有心脏病，路上又不安全，经过一再交涉，才同意他与同被疏散到江西的王震合坐一节公务车厢。10月18日，陈云登上火车，隆隆南下。谁知，这一去，竟在江西呆了两年半之久。而制造战备紧张空气的林彪等人几个月后就回到了北京，被他们阴谋打倒的刘少奇、陶铸，到了疏散地不久，即在迫害中含冤去世。

当全国上下欢呼第一颗人造卫星上天时，陈云却说:“其实早就应该上天了”

10月20日，陈云到达江西南昌，和王震告别。当天下午，江西省革命委员会主任、省军区政委程世清来到陈云所住的招待所。

程世清见了陈云，就不负责任地说，要在江西掀起一个大跃进和工业革命，让江西这个工业基础较差的省份一年生产六七万辆汽车，还要做到每年上缴国家100亿斤粮食，全国不再进口粮食。陈云心知这是完全不可能的，但在当时也不便提出反驳。实际上，江西生产汽车根本没有那么多钢板，全省的粮食产量每年只有197亿斤，如果交给国家100亿斤，全省都要饿肚皮。直到“文化大革命”后的1979年，陈云讲起这件事，还感慨地说:“程世清这些人胆子大，他们说搞什么就搞什么。”

陈云到江西后，周恩来特地打来电话，嘱咐说陈云身体不好，住的地方要有暖气，他过去在北京蹲点是在工厂，这次可以还安排他到工厂。于是，陈云被安排到江西化工石油机械厂蹲点调查，住在离工厂两里路的南昌郊区青云浦干部休养所。青云浦，是院前的一个湖。说来也许是个巧合，陈云出生在上海的青浦县，青云浦恰好由陈云的名字和出生地名组成，不知当时安排住处的江西省革委会是否考虑到了这有趣的一点。招待所是一个用围墙团团包围的院子，门口有武装军人站岗，门牌上写着“福州军区干休所”，江西省军区属于福州军区管辖。陈云住在条件最好的8号院，坐落在干休所最深处，由几间青灰瓦房组成。为了安排陈云，特地由副所长沈云贵带领战士连夜砌了一道三米高的围墙把这个院子与外界隔绝。房间里十分简单，连锅碗等日常用品都没有，要陈云自己出钱派人上街去买。但他的待遇已经比当时也在江西劳动的邓小平要好了。

1969年11月，陈云来到工厂，先参观了各车间、班组。这个工厂有1600多人，原先是属于劳改局的，当时划归江西省军区生产建设兵团第28团，主要生产化工炼油设备。陈云身穿灰色中山服，黑布鞋，外披一件绿军大衣，走进了厂里。他对工人和干部打招呼说:我是到这里来接受工人阶级再教育的，要向工人阶级学习。他住的地方离工厂有两里路，为了早晨八点钟上班不迟到，他每天6点多就要起床，两年多都是如此。好在上级拨给了他一辆灰蓝色的华沙牌小轿车。

1970年4月24日，中国成功地发射了第一颗人造地球卫星，中央人民广播电台播放了由卫星发射回来的《东方红》乐曲声。陈云正好在厂里，他让司机把小轿车的收音机打开，工人们便围过来，倾听那美妙的节奏。有人问:“人造卫星为什么会放音乐？”陈云没有回答这个问题，却若有所思地说:“其实这颗人造卫星早就应该上天了！”

1970年5月，陈云想了解江西的生产形势，就给省革命委员会主任程世清写了一封信，要求到下边的单位去看一看。其后，由江西省革命委员会办事组安排，陈云到江西洪都机械厂、南昌钢铁厂、氨厂、电缆厂、汽车厂等工厂，南昌菜市场、百货公司、南昌第19中学作了参观和调查。还到南昌以外的新余县、萍乡市、南昌县去看了看。在萍乡煤矿，65岁的陈云戴上安全帽，坐电梯下到几百米的深处，看望了在采煤第一线的煤矿工人。