1912年4月1日，在唐绍仪内阁成立后，孙中山按照约定向临时参议院正式辞去临时大总统的职务。在解职前，孙中山在临时参议院发表演说，他颇为感慨的说:“本总统受职以后，没有想到在这么短的时间便建立了如此大的事业。这三月以来，南北统一，战事告终，中华民国完整无缺，真乃是国民幸甚、国家幸甚！”

事实上，孙中山的话颇为言不由衷，按他的本意应是直接扫荡北方，一统民国，但由于财政、军权等各种原因，最终还是以妥协而告终。尽管当时的国人都在为战争的和平解决而欢呼、为共和的胜利和国家的统一而感到兴高采烈，但民国的起步从一开始便显得不是那么的顺利。

危机首先在内阁中爆发。在唐绍仪组建内阁后，部分内阁成员对职位安排并不满意，他们纷纷向唐绍仪提出辞职。譬如农林总长宋教仁，这位30岁刚出头的年轻人，他认为当前有着更重要的事情要办，这小小的农林总长，完全满足不了他的雄心（他要自己组阁！）。因此，宋教仁一而再、再而三地请求辞职，弄得唐绍仪非常难堪。

内阁中的另一位同盟会员陈其美，他认为给他的工商总长职位不过是调虎离山，因此他根本就没有去北京上任，只是委托了王正廷作为次长前往北京代替他处理事务。财政总长熊希龄本是介于袁世凯势力和南方革命党之间的统一党成员（原为清末立宪派），他鉴于当时的财政问题极其困难，加上内阁中派系复杂，因此也打起来退堂鼓，再三向唐绍仪请辞。

按约定，南方的国务员们在组阁之后应当即时前往北京就任，但在这种情况下，唐绍仪在发布内阁任命后只能一直滞留南京，百般劝说宋教仁等人，希望大家以大局为重，早日北上。眼看首届内阁难产，袁世凯也非常着急，他通过电报不断地对各方进行疏通，以求事态得以圆满解决。

之所以出现这种情况，主要原因还是南北双方的互不信任。由于南方革命党和袁世凯的北洋军曾经交战过，加上不久前北京又发生兵变，因此南方革命党担心北上会有危险，主张派兵护送国务员北上。这种做法，显然是将南北矛盾提前激化。

这时，身在武昌的副总统黎元洪站了出来，他一封接着一封地给南京发电报，劝告国务员们尽快北上。在电报里，黎元洪几乎是一把鼻涕一把泪的劝说道:“民国初建，国本未定，民心动摇。即使大家群策群力，尚难图存，何况各部虚悬？各位要是以灭种为旁观，以覆邦为快事，那我黎元洪宁愿垂手待毙，也无怨言！如果各位还看得起我，还请大家按照约定尽早就职，在北京的总长可以先行筹办，在南京的总长还望轻车简从，迅速启行！如果各位北上招致危险，请杀我黎元洪以谢天下！要是各位拥兵自重，以致祸端，那也当罪诸位以谢天下！要是五日之内各位还在延宕观望，那国民必认为诸位是有意弃我民国，如何得了？”

在舆论的压力下，南京的国务员们也只好勉为其难的前往北京就职。4月15日，蔡元培、宋教仁及其部分参议员随同唐绍仪一起赴京。由于当时津浦路尚未通车，一行人首先从上海坐轮船到天津，然后由天津转乘火车进京。

4月20日，唐绍仪和南京的国务员、参议员们抵达北京，袁世凯照例布置了一个极为隆重的欢迎仪式，车站前彩旗招展，军乐齐鸣，面子功夫做得很足。当天，新任内务总长赵秉钧与总统府代表及北京各界人士都前往车站迎接，南北双方代表纷纷握手寒暄，仿佛已经抛弃前嫌，如同一家人一般。

次日，由唐绍仪组阁的中华民国第二届临时政府正式宣告成立，办公地点就设在北京铁狮子胡同（前清陆军部公署内）。在各方的努力下，唐绍仪内阁的大部分成员都出席了当天的成立大会，只有工商总长陈其美和财政总长熊希龄未能就职，职位暂由他人代理。

临时政府迁到北京后，南京的临时参议院也宣布休会，并随之北迁。由于之前的参议员都是各省都督选派的，因此在南北统一后，各界代表都纷纷要求在“民主共和”原则下进行改选。随后，各省都按照《临时约法》的规定将原咨议局改成了省议会，并由省议会选出新的参议员。在新的参议院中，同盟会虽然仍旧是第一大党，但已经不占据绝对多数了。

4月29日，新的参议院在北京隆重举行开院仪式，国务总理唐绍仪和各部总长及中外各界人士纷纷出席观礼，连袁总统也亲自前来祝贺并发表演说。不过，在是袁世凯第一次到参议院，也是唯一的一次。说句实话，议会到底是干什么的、有什么样的权力和地位，恐怕袁世凯当时也不甚了了。在潜意识里，他可能还是将参议院看成是前清的资政院---不过是起个咨询襄助的作用罢了。

由于参议员经过改选，临时参议院随后又对议长进行了重新选举。在这次选举中，共和党与统一共和党进行了合作，使得同盟会的议长候选人落选，结果前奉天咨议局长吴景濂（统一共和党）和原湖北咨议局长汤化龙分别当选为正副议长。由此，同盟会的势力在新的临时参议院中被进一步削弱。