待到散席回馆，专使团的成员都有三分醉意，却还剩下七分清醒。说句实话，他们对交涉的结果虽然还算满意，但对袁世凯是否真的南下就职，却也说不上有十分的把握。

当天晚上，专使团的成员正在商议对策时，突然城北传来数声炮响，随即便是人喊马嘶，仿佛有事变发生。蔡元培等人极为困惑，他们走到窗前推开窗户，却见不远处已是大火熊熊，数处房屋正在烈焰中跳舞。

借着大火的余光，专使团的成员发现不远的街道上突然冒出成群的兵士，这些人不停的朝着天空中开火，只见子弹带着长长的亮光，不断撕扯着本是安静祥和的夜空。清脆的枪声听起来不是那么的友善，更糟糕的是，这群乱兵一路上呼呼喝喝，沿途纵火抢劫，方向却似乎正朝着馆舍而来。

专使团等人大为惊恐，正待商议如何是好时，一颗流弹突然划破窗户飞了进来，将室内墙壁砸出一个洞又折射了出去。汪精卫大叫道:“不得了！幸好这个子弹没有击中人，不然还不被它取了性命！”蔡元培说:“不好，恐怕这是兵变了！”宋教仁却还算冷静，当即一语中的:“这定是袁世凯的手段！”

宋教仁的话音未落，一群乱兵便已举着火把，“嘭嘭嘭”的猛砸馆舍大门，馆舍里管事的人前去招呼说:“这是南方专使团的所在，还望弟兄们不要惊扰！”

兵士们听后，大声嚷嚷道:“什么专使不专使！越是专使，我们越要打他！”随后，乱兵们又是十几声乱枪，子弹“嗖嗖”的从专使团成员所住房间的窗户前呼啸而过，将蔡元培等人惊出一身的冷汗。

危急形势下，蔡元培对专使团的其他成员道:“情况不妙，看来这些乱兵似乎是冲着咱们而来，不想我们使命尚未完成，却将性命白白送在这里！”汪精卫说:“多说无益，我们不能在此束手待毙，不如从后院觅条出路逃生罢！”众人听后点头称是，当时也来不及收拾什么文件衣物，便一起下楼朝后院奔去。

还没等到后院，前面乱兵们已经将大门砸出几个大窟窿，嚷嚷着要冲进来，蔡元培等人听到后，一个个急得像是热锅上的蚂蚁，恨不能长出翅膀飞过墙外。要说馆舍的后院并不算高，但由于黑灯瞎火的，专使团的成员们又都是些谦谦君子，一时间竟然翻不过去。所幸后来有人从房内摸了一条板凳，专使团的成员们这才借以过墙逃生。

出了馆舍后，专使团见街上已经是兵荒马乱，决定分开行事，一部分人避入附近的一家教堂，蔡元培与宋教仁、汪精卫两人本想去袁世凯府上质问，但当夜的局势实在混乱，未能如愿。所幸蔡元培及汪精卫对北京还算熟悉，总算有惊无险的逃进了东交民巷的六国饭店。

待到次日凌晨，专使团的其他成员如魏宸组、王正廷等人也陆续赶到六国饭店，众人彼此对视，不免哈哈大笑:只见各人有未穿外衣的，有穿鞋而无袜的，也有穿袜而无鞋的，情形极为的狼狈，所幸无人受伤。

袁世凯在得知蔡元培等人已经逃到六国饭店避难后，随后便派人前来慰问，并将他们接到府上压惊。等蔡元培等人再到袁府的时候，袁世凯却也是一夜无眠，而且已经换上马裤、马靴，一身戎装打扮。对于昨夜之事，袁世凯似乎也是一头雾水，正急急忙忙的命人四处打探，查明究竟是何人带头闹事，又闹成何等情形。

不久，各路探子回报，发生兵变的是曹锟统制的北洋第三镇，他们原本驻扎在北京城外，不知何故突然冲进城内，跑到东城和前门一带大肆哄抢，一路焚烧，还跑到专使团所住的煤渣胡同胡闹。到下半夜，兵变继续扩大，西城、北城也发生骚乱，当地的土匪闻风而动，趁火打劫，而部分巡警也加入了抢劫的行列。等到清晨，被砸被抢的店铺、钱庄、民居已经有数千家，还有几百间房屋被焚烧，似乎是为了掩盖抢劫的痕迹。

这次兵变，是不是袁世凯一手导演，目前还没有确凿证据。不过，坊间倒有个传闻，说是袁世凯的长子袁克定曾找几个北洋军的将领商议，说如果家父南下就职的话，到时直隶都督就要由别人接手，届时北洋军恐怕要被裁撤一部分，对大家很是不利；要想不让家父南下，首先是要把南方专使团给赶跑。曹锟等人听后，大为恼火，便说:“这事也不难办，只有我们让弟兄们趁夜把专使团的住处围一围，放两枪，把他们吓跑就是。”袁克定听后大为满意，说:“只要你们一闹就好办，到时就算专使团不跑，东交民巷的外交团也会出来抗议，当时家父就走不成了。”

还有人说，在兵变的第二天早上，正当唐绍仪向袁世凯汇报情况的时候，曹锟突然推门而入，向袁世凯报告说:“昨奉大总统密令，兵变之事已经办妥！”袁世凯见曹锟说漏了嘴，起身大骂道:“胡说八道，滚出去！”