吴晗很快写出《关于〈海瑞罢官〉的自我批评》一文，就有关事实和历史依据问题进行说明和解释，表明《海》剧与“单干风”、“翻案风”无关。但在某些问题上，他违心地承认了错误。吴晗的检查刊发在12月27日的《北京日报》上。

1966年1月16日，许立群召集北京6个报刊编辑部会议，仍在把对姚文的讨论控制在学术范畴里。

由“向阳生”引发的冲突

1966年2月3日，彭真主持召开“5人小组”扩大会议，拟定了《关于当前学术讨论的汇报提纲》即《二月提纲》。但就在这期间，发生了一件邓拓意想不到的事情，过去与邓拓并不熟悉的关锋突然夜访邓拓，作了交谈。第二天邓拓告诉李筠，此前康生打电话给他，说关锋对“向阳生”的文章有意见，你们可以约个时间谈谈。

关锋随即就来了，对邓拓说，向阳生的文章没有谈及政治，实际上是为吴晗开脱。特别是你，同吴晗一起写过文章，这样做不恰当。邓拓对关锋说，《北京日报》不是我管的，我写向阳生这篇文章，原来曾想在文章中作些检查。邓拓对关锋特别声明:这件事彭真没有管。对于关锋的指责，邓拓说:我不是没有谈到政治问题，文章末尾是谈了的。

接着，事态严重恶化了，3月28日至30日，毛泽东在杭州同康生、江青等作了三次谈话，指责北京市委针插不进，水泼不进，要解散。他还宣称，中宣部是“阎王殿”，要“打倒阎王，解放小鬼”，并说吴晗、翦伯赞是学阀，上面还有包庇他们的大党阀(指彭真)。毛泽东还点名批评《三家村札记》和《燕山夜话》是反党反社会主义的。这就为邓拓定下了大罪，在当时是无法解脱的。

4月6日至4月11日，在刘仁、万里、郑天翔“三人领导小组”和李琪、宋硕、范瑾、张文松组成的“四人办公室”的主持下，《北京晚报》、《北京日报》、《前线》等单位，对邓拓进行了一次批判，主要是对邓拓提出问题，结论是“邓拓是拥护三面红旗的，在顶单干风、自由市场等方面同书记处是一致的”。“邓拓除《三家村札记》外，其他文章都是正确的”。但从这天起，邓拓停止工作，专事检查。

但很快对邓拓的批判急速升温。5月8日的《解放军报》发表了江青亲自组织、署名“高炬”的文章《向反党反社会主义的黑线开火》，点明邓拓“为资产阶级复辟鸣锣开道”，指责《燕山夜话》“是地地道道的反党反社会主义的黑话”。

上海《解放日报》和《文汇报》同时发表姚文元的文章《评“三家村”——《燕山夜话》、《〈三家村札记〉的反动本质》，第二天全国各大报转载。文章说，邓拓、吴晗、廖沫沙以“三家村”为名写文章是“经过精心策划的，有目的、有计划、有组织的一场反社会主义大进攻”，要揪其“指示”、“支持”、“吹捧”者，挖出“最深的根子”。

邓拓完全失去了争辩的权利，只能默默接受屈辱。

留下遗书，告别人世

1966年5月16日，“5·16通知”被通过，标志着“文化大革命”正式开始了，彭真、陆定一、罗瑞卿、杨尚昆从此身陷囹圄。

就在这一天，包括《人民日报》在内的全国各大报纸同时转载戚本禹发表在《红旗》杂志第7期的文章《评〈前线〉、〈北京日报〉的资产阶级立场》。戚本禹的文章实际上为邓拓的问题定了调子，这样的大案没有相当长的年头是改变不了的。

读到戚本禹的文章，邓拓终于下定决心，告别人间，告别即将扑向身来的苦难。