一度关系紧张的马英九和王金平在吴伯雄的调解下也冰释前嫌，吴伯雄曾表示，有人质疑他个性太温和，投入佛教后，连吵架都不会吵。但是菩萨也有金刚之怒，如果有人对国民党进行“清算斗争”，他会强势反应，并强势要求大家团结。
2007年2月，时任国民党代理主席吴伯雄邀请马英九及王金平会面聚餐，王、马在吴伯雄要求下喝交杯酒。吴伯雄则开玩笑说，喝完交杯酒后，就准备进“洞房”了，希望两人绝对要合作团结。
吴伯雄一直非常支持马英九。
