原计划第二期开始探测秦陵地宫，由于科技部突然参加美国航天局的阿波罗登月计划，动用了863项目的资金，加上日后的人事变动，协助探测秦陵一事流产。

之后，秦陵探测进展缓慢。

秦陵整体就是一个政权机构？

探明秦皇陵夯土堆内有台阶后，段清波和他的队员开始意识到，秦皇陵不仅仅是能挖出宝贝那么简单。

光从台阶的设计看，就是前无古人后无来者的陵墓设计，段清波认为这种建筑理念很可能融合了西方的设计构思。有文献记载，秦始皇往西到甘肃出巡，遇大人族，腿长六尺。这种说法有夸张的成分，但“那时候秦国和西方，至少是中亚、西亚的大规模交流可能已经开始了。”段清波分析说，“兵马俑这种艺术形式，之前是没有的，之后也没有。那么大的陶俑，没有新的理念，是做不出来的。”

尽管，段清波发表勘察结论后，遭到许多国内考古专家质疑。但段清波觉得无所谓。

随着科技部专家的撤离，陕西各考古相关部门的协调也不断出现问题，2003年，秦陵的考古勘察基本停滞。

虽然无法带着队员继续打洞勘察，但已和秦陵打了五年交道的段清波一直没有放弃研究秦陵，在这位秦汉考古专家心中，有太多的疑问需要去寻找答案。

在秦始皇之前的秦国帝王陵墓里，都只有车马坑，而秦始皇陵有兵马俑坑、马厩坑、戏俑坑等等种类繁多。表面看似秦始皇贪婪，死后要将生前的一切都带走。可段清波经过多年研究得出自己的推断，“我们觉得秦陵整体就是一个政权机构，由一个个坑组成。”他认为，“秦始皇把他创造的整个国家机构体制放到地下，他太想看到秦国发生翻天覆地的变化。之后的西汉王陵也学他，但到了西汉后期陪葬坑越来越少，因为他们不知道秦始皇的真实用意，只是单纯模仿。”

历代很多文献在肯定秦始皇完成统一功绩的同时，都说到他的贪婪、残暴。从汉代开始，这位伟大的君主就被描写成恶人。对此，段清波也有他不同的理解，“秦始皇思想博杂，什么思想管用他用什么。当时的儒生常常挑皇帝毛病，却少有建设性意见。慢慢地秦始皇把儒生排除在自己的政治圈子外。秦灭亡后，下一个朝代的统治者要把他说得一钱不值，以巩固自己的统治，于是秦始皇在汉初被渐渐有话语权的儒生妖化了。而《史记》里，司马迁是想拿秦始皇说事，向当朝皇帝谏言。比如，说秦始皇13岁即位就开始修陵墓，其实是在暗讽在位54年、却花了53年修陵的汉武帝。”段清波解释说:“可所有的文物现象都表明，秦陵是短期内形成的。修陵人墓地的瓦片上刻的字表明，他们来自东方六国，最远的是山东、江苏，这说明修秦陵是秦统一后的事。”

不但修建期短，如此宏伟的秦陵其实是项未完工的陵墓。有文献记载，秦陵封土达50丈，约116米。如今从任何角度看都只有50米左右。有人说是两千多年间水土流失造成的，但考古队钻探时发现陵墓周边水土流失的痕迹很少。而文献记载的许多西汉王陵的封土高度，与现在的实际高度差不多。另外，秦陵内城墙建有廊房，绘有壁画，但外城墙却很粗糙，像是匆忙结束的工程。

段清波认为，这和当年陈胜吴广起义有关，修陵人都被调去打战了。统一后的秦国有近2000万人，其中40万人修长城，蒙恬要了30万人防匈奴，修秦陵阿房宫用了70万人等等，据段清波统计，秦国在短时间内有十分之一的青壮年都被用在了非生产活动上，这就需要更多的人给他们给养。可国家无暇无人进行经济生产，逐渐面临崩溃。