一战结束前夕，卢森堡参与了德国的“十一月革命”，推翻了德意志帝国。由于社民党成立的“人民全权代表苏维埃”将 “斯巴达克同盟”排除于政府之外，“斯巴达克同盟”遂与独立社会主义者，以及德国国际共产主义者举行联合大会，并于1919年元旦成立德国共产党。他俩被推举为领导人。

柏林爆发第二波革命浪潮后，卢森堡和李卜克内西领导了柏林工人武装起义。数以万计的群众涌到柏林市中心，占领火车站、资产阶级报馆等。艾伯特政府调集大批军队进行血腥镇压。工人武装血洒街头，起义失败。在这之前，一些中产阶级的报章叫嚣着杀死“斯巴达克同盟”的成员。而以思想激进和意志坚强著称的卢森堡，被帝国主义者及右翼分子称为“嗜血的‘红色罗莎’”。

1月15日，由于叛徒告密，卢森堡和李卜克内西在避居的地下室里被捕。他们被“自由军团”的士兵劫持到柏林的艾登旅馆，被拷打及盘问了几个小时。卢森堡被打昏后，军队把她从艾登旅馆带走。之后，在从柏林西端的军区司令部押送到莫必特监狱时，反动分子以企图逃跑为借口，对她的头部开了一枪，并将她的遗体投入了兰德维尔运河。李卜克内西也同时被害。不到两个月后，卢森堡的“昔日恋人”约基希斯和他的两位战友陷入魔掌，随即遇害。

真身尸体或被“调包”

1919年5月31日，人们在河里找到了一具尸体，据称是卢森堡的。6月13日，德国工人将卢森堡安葬在埋葬着李卜克内西和另外32名被害工人的柏林弗里德里希斯菲尔德墓地。这个墓地位于柏林郊区。当局有意没有把两人的墓地设在城里，因为怕他们的墓地从此会成为纪念集会活动的场所。纳粹时期，卢森堡墓地被捣毁，民主德国成立后，墓地被重新修建，并成了每年一度大规模群众集会的场所。

今年5月的一天，德国柏林夏理特医院法医研究所所长米歇尔·托索考斯，在该医院医学史博物馆的一个地下室里检查时，意外发现了一具姿势特殊的干尸。托索考斯发现，这具没有头颅和手脚的女性尸体被陈放在架子上，地下室阴冷和缺氧的环境使尸体已干化。

托索考斯立即叫来研究人员对干尸进行了CT扫描，发现其两腿的长短不一样。当时，柏林正在举行纪念卢森堡逝世90周年的活动。一直对卢森堡生平有浓厚兴趣的托索考斯产生了一个念头，这难道是卢森堡的遗体吗？卢森堡曾因关节炎而安装了金属股骨头，从而导致双腿长短出现些许差异。随后，托索考斯等人在实验室利用碳14离子放射学的方法，估算出死者的年龄应该在40岁至50岁之间，而卢森堡遇害时恰好47岁。

托索考斯还来到弗赖堡的军事历史博物馆，对1919年的卢森堡尸检报告进行分析。他发现，所谓的尸检报告中提及的许多体征，与卢森堡本人并不吻合，比如尸检对象既没有股骨头损伤，也没有双腿长度区别。这让他确信，真正的卢森堡的遗体很可能根本就没有下葬。

虽然几项法医鉴定都显示这具干尸很可能就是卢森堡的，但最重要的科学依据还是需要有DNA鉴定。由于卢森堡遇害的时间距今已有90年之久，要寻找相关的DNA对比证据非常困难。

假如夏理特医院那具干尸确实是卢森堡的真身，它又是怎么来到那里的？德国历史学家分析认为，当时，卢森堡的遗体很可能被当作无名者，或被“调包”送进夏理特医院的停尸房，另外一具尸体则被丢进了运河。而卢森堡真身遗体的头颅和手脚在送进停尸房前就被肢解丢入河中。当时德国并没有要求对尸体火化，以及医院要保留尸体研究，使卢森堡的遗体一直保留至今。