李鸿章说:“新疆乃化外之地，茫茫沙漠，赤地千里，土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，倾全国之力，徒然收数千里旷地，增加千百万开支，实在得不偿失。依臣看，新疆不复，与肢体之元气无伤，收回伊犁，更是不如不收回为好。”认为两者“力难兼顾”，主张放弃塞防，将“停撤之饷，即匀作海防之饷”。

左宗棠反驳道:“天山南北两路粮产丰富，瓜果累累，牛羊遍野，牧马成群。煤、铁、金、银、玉石藏量极为丰富。所谓千里荒漠，实为聚宝之盆。”他还说:“我朝定鼎燕都，蒙部环卫北方，百数十年无烽燧之警……是故重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师……若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。而况今之与昔，事势攸殊。俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂。徙薪宜远，曲突宜先，尤不可不豫为绸缪者也。”他认为“若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺”，收复新疆，势在必行。

光绪元年(1875)同年5月，左宗棠被任命为钦差大臣，督办新疆军务，拥有筹兵、筹饷和指挥全权。左宗棠受任后，立即准备进军新疆。

光绪二年(1876)二月，左宗棠移驻肃州，就近指挥新疆战事，各路大军陆续西行出关。

六月二十一，西征军夜袭黄田，开始收复新疆战役，继而攻克古牧地、乌鲁木齐。九月，西征军收复玛纳斯，北疆平定。次年三月，西征军挥师南下，先后攻克达坂、吐鲁番等城。

光绪三年十二月初二日(1878年1月4日)，西征军肃清和田之敌，取得完全胜利。左宗棠以公由一等恪靖伯晋为二等恪靖侯。

左宗棠随即致力于收复伊犁。

时清廷派崇厚出使俄国谈判归还伊犁事，及《里瓦几亚条约》成，失地丧权，举国震怒。

左宗棠愤然说:“武事不竞之秋，有割地求和者矣；兹一矢未闻加遗，乃遽议捐弃要地，餍其所欲，譬犹投犬以骨，骨尽而噬仍不止。目前之患既然，异日之忧何极？此可为叹息痛恨者矣！”审时度势，他认为只靠外交必不能收回伊犁，应“先之口舌，继以兵戎，事无不济”。

于是，在曾纪泽赴俄重开谈判时，左宗棠在新疆备战。