蒋介石担心吴铁城劝说无效，又特意手书一封信，让吴铁城带给当年孙中山先生的侍从武官刘季生，希望刘季生能劝动孙科。没想到，孙科不为所动，仍然坚持要于14日前往上海，而后再回重庆。刘季生只能转告吴铁城，他担保孙科到上海后，三四日后一定回重庆。

吴铁城指示刘季生，必须完成蒋介石信中的嘱托，负责督促孙科于13日中午之前，最迟至14日早晨，必须动身返回重庆。刘季生当即于13日前往孙科住处再次劝说，孙科仍然没有答应。吴铁城只好亲自出马，再访孙科。

13日劝说孙科的详情，仍由张镇和戴笠电告蒋介石。这下蒋介石可睡不着了，他在14日的日记中记道，“今晨3时醒后，不能安眠，辗转3小时”，考虑对东北、中共和苏联应采取什么策略。念至深处，忽又想起“孙科潜行与应取之道，更觉痛苦不堪矣”。蒋介石认为苏联“狡诈凶险，外内夹攻”，几乎使他“遍体鳞伤”，再加上孙科“不应有之背逆，是真刺入我内心”，使他不能专心对外，而又不得不“着重于内部之运用，牵制强迫，莫此为甚”。

孙科擅离重庆前往南京之时，正是东北问题最令蒋介石头痛的时候。当时，由于苏军的阻碍，国民党的接收军队无法在东北登陆，国民政府的东北行营也很难进行接收工作，而中共部队已深入东北广大地区。在这种情况下，南京来电报告“孙科已被俄共诱惑，将往东北组织伪政府矣，彼对人明言，两周后俄在东北必有所表示”，蒋介石难免会怀疑和担忧，相信这一切都有可能。

同一天，张镇和戴笠也发来电报称，吴铁城与刘季生劝孙科不要前往上海，均无效。孙科对吴铁城讲，“亲苏即不能反共，反共即不能亲苏”。孙科还批评道，“自日本投降以来，一切仍均是中央集权，各地当局毫无权柄，所以弄得一团糟”。孙科自己亲口对吴铁城说“两星期后苏联对东北必有所表示”，还抨击中央集权，这怎能不让蒋介石确信孙科已了解苏方动向并准备与苏联合作呢？

见孙科去意已决，吴铁城认为再无法劝告，于是主张于15日上午12时左右，包下一班中央航空公司的飞机，事先与机长约定好，待孙科上飞机后，即直接飞回重庆。但表面上仍准许孙科购买15日飞往上海的机票6张，并由吴铁城陪同他赴沪，等到起飞之后，再由吴铁城告诉孙科，这架飞机是直飞重庆的，一切责任由吴铁城个人肩负。

对于这样一个蒙骗加强迫的办法，吴铁城与张镇、戴笠以及国民党陆军参谋长萧毅等人进行了详细的探讨，商量的结果，众人一致认为，这个办法比向孙科出示蒋介石派萧毅阻止他赴沪的命令要妥当。至于中航飞机，则由张镇和戴笠负责交涉，妥行布置。

办法报告给蒋介石，蒋介石接到电报后，只在上面批了一个字:“存”，实际上是默许了南京方面的计划。

15日凌晨，蒋介石仍旧3点钟就已醒来，再也不得安眠，令他焦虑的依然是孙科和东北问题。眼见军事接收东北受阻，迫不得已，蒋介石思考再三后决定，将东北行营从长春迁移至山海关待命，同时撤回空运部队，并且由国民政府外交部照会苏联驻华大使，寄希望于通过外交交涉完成接收任务。在东北有可能落入苏联和中共之手的不利形势下，蒋介石将孙科“离渝飞京”的行为看作“行同潜逃”，在日记中批评孙科是“党内左倾”，指责他“待机取巧，企图组织傀儡”，以和苏联及中共互相利用为荣。

在蒋介石看来，当时“俄共夹攻，各方反动分子蠢动思逞”，孙科潜行是非常危险的，“如其果到上海，则东北对俄与华北共匪之形势”，就不易改变了，“甚至第二伪满傀儡之出现，即在最近之将来”。蒋介石担心孙科跑到上海后再到东北，组织亲共亲苏的政府，于是他下令给手下，无论如何要把孙科给“请”回重庆。蒋之命令既出，下属们劝说孙科无效，只能想出个近乎于“劫持”的方法，把孙科弄回了重庆。

15日下午，吴铁城来向蒋介石报告，孙科已回到重庆，但是他“不平、不愿、不服”。

孙科擅离重庆，除了与蒋介石政见不同这一原因外，还因为不满于他的二夫人蓝妮被捕却不允许他交保一事。