陈诚还狂妄地宣称:明年要到南京去欢度“国庆”。

蒋介石在陈诚整编军队的基础上，进一步整顿军纪，严加训练。为了便于统一指挥、调动军队，蒋还效仿美式建制，重建军事体制和首脑机关。此举的最大特征是最高军权集于“总统”之手。“总统”之下分设“军政系统”与“军令系统”、“政工系统”，很显然，后一种制度是仿效苏联与中共做法。“军政系统”为“国防部”，设人事、人力、物力、军法、法规、战略计划研究、军事工程等4室5局5委员会，主管军事行政。“军令系统”为“参谋总部”，辖“陆军”、“海军”、 “空军”、“联勤”、“警备总司令部”和“宪兵司令部”，还直辖澎湖、金门、马祖防卫司令部，主要执行“总统”的军令，指挥“三军”。“政工系统”为“总政治作战部”，设立人事、党务、保防等9处4室1委员会和5个总队，隶属于“国防部”。该部职能是:掌理“国军”政治作战政策、军事新闻、心理作战、组织训练、政治教育、文化宣传、康乐、监察、“保密防谍”、军眷管理、官兵福利及战地政务等业务。

军事机构恢复政治工作制度，“国防部”增设“总政治作战部”，此举是蒋介石退台后实施军事改革的重要步骤。他在总结国民党兵败大陆的教训时，认为“政治训练的缺乏”是其一，士兵“不知为何而战”。张其昀:《先总统蒋公全集》第2册第1947页。他认为必须加强政治工作。如何加强政治工作呢？蒋介石当时采取了以下三个步骤:

第一步:统一军人思想。蒋介石当时发表若干篇讲演，其中尤以下列四篇最为重要:《革命魂》、《军人魂》、《民族正气》、《汉奸必亡与侵略必败》。这四篇文章的核心就是要求明确“为谁而战？”“为何而战？”蒋介石宣称:

“我们是为从共匪狂暴下拯救父母与亲人而战，我们必须消灭共匪，否则他们便要消灭我们。”

第二步:组建政治部与设立政工制度。此举有两个目的:一是为了反共需要，二是为了让蒋经国在军队抓权，为日后再度升迁作准备，公私兼顾，当然重心在后者。

对于蒋介石的这项军事改革，董显光评论说:

“士兵与军官之训练，在政治的意义上，尤有必要。在过去，中国的将领只要其部下忠于个人，而不使他们知道对其敌人作战之任何理由。这就是军阀制度所由产生之故。蒋总统却具大不相同的观念，要使官兵早日认识其所从事的政治目标。当然这些目标都是为着人民的福利。蒋总统认为士兵如果不知道为何而战，那他们就只是一种募兵，而募兵是不会成为优良士兵或斗士的。”

“中国军队中所建立之政治作战制度，其主要目的在激励军队的高度战斗精神。为达此目的，每一军官或士兵必须充分信仰三民主义，并具有为三民主义而不惜任何牺牲之坚决意志。”董显光:《蒋总统传》第622页。

夏宗汉先生将蒋介石此举称之为唐代的“监军制”，他认为“监军制”有其缺点:

“由工商管理学的观点去看，政工监军制度的弊病在为了减少兵变风险，而分散指挥官事权，因此减低了效率。如果行之过甚，则军队虽然忠字当头，没有兵变的危险，却也使指挥系统的效率降低，有碍克敌制胜。指挥官作业之最终目的在求胜，目标是战场上的敌人；政工监军之目的在肃反，其目标为军中内部的不稳分子。为了求胜，优秀的军事人才比较重要；为了肃反，政治热情分子比较受重视。”“两者往往难以兼顾。”香港《明报月刊》1978年6月。

“政工制度，虽由苏联红军的政委制衍变而来，却‘性相近而习相远’，和中共比较，更差之远甚。”江南:《蒋经国传》第254页。

蒋介石要蒋经国出任“总政治部主任”一职，本来是吃力不讨好的事，但小蒋有老蒋的尚方宝剑，加之蒋有“吃苦耐劳”作风，“国军”政工亦有声有色。蒋经国到任之后，首先提出两个主张:一是消除吃空缺，二是军队不能滥用私人。为了使政工步入正轨，他要求从事政工的干部只“讲政治的责任，而不讲政治的欲望。”在部队全面倡导“人事公开、经费公汗、意见公开、赏罚公开”。凡涉及人事、经费、意见和赏罚问题，必须经过公开讨论，有士兵代表参加，部队长不得徇私。当部队风气稍有好转之际，蒋经国又将工作重点放在以下四个方面:

（1）“肃清匪谍，转移风气，推行思想教育”；

（2）“严密军队组织，提高军中文化，推行克难运动”。

（3）“健全一切组织，推行实践制度，改善官兵生活”。

（4）“要求全体官兵把思想变成信仰，把信仰变成力量，要做到政治上永不屈服，在战场上永不投降”。钟声:《蒋总统经国先生》第124页，台湾立坤出版社1984年3月版。