9月，在北京召开八届十中全会和随后的国庆13周年活动，就不再通知彭德怀参加了。在全会上，毛泽东明确表示：我对彭德怀这个人比较清楚，不能给以平反。全会还决定成立“彭德怀专案审查委员会”，对他进行全面审查。
后来，彭德怀专案审查委员会派人去湖南，对1961年彭德怀回乡作农村调查情况作“追踪调查”。原来，彭德怀在湖南调查结束后，湖南省委曾正式书面报告中央，反映彭德怀在湖南期间表现是好的；但这时却又出尔反尔，向中央报告说彭德怀当时有“反党言行”。这次专案调查人员也专门收集一些反面材料，断章取义，肆意歪曲，编造了一个《关于彭德怀同志1961年回湘潭情况的调查报告》，说彭德怀那次回乡调查是“别有用心”、“满腹牢骚”，散布了一系列“反党言论”。这个《报告》送我印发时，我发现《报告》上把那些随彭德怀去湖南的工作人员名字也写上了。我当即打电话给彭德怀专案审查委员会负责人，说那几个随行人员都是组织上派去做具体工作的，不要把他们的名字写上。这样，避免了一次可能发生的新的株连。
1965年9月11日，毛泽东要彭真代表中央找彭德怀谈话，说中央决定你去西南工作，任西南三线建设委员会副总指挥。彭德怀表示，我是共产党员，应该服从党的分配，但我犯了错误，说话没有人听，对工业也是外行，还是希望去农村作调查。23日，毛泽东亲自找彭德怀谈话，刘少奇、邓小平、彭真也在座。毛泽东说：“彭德怀去西南，这是党的政策，如有人不同意时，要他同我来谈。我过去反对彭德怀是积极的，现在要支持他也是真心诚意的。”“对老彭的看法应当是一分为二，我自己也是这样”。毛泽东还对彭德怀说：“也许真理在你那边。”
10月19日，彭德怀来找我，要我帮助他解决去西南赴任的一些具体问题，我当即应允。次日，我派中办警卫局副局长田畴、中办机要室副主任赖奎到彭德怀那里，问他有什么要办的事，要一一帮他办好。11月28日，彭德怀乘火车离京去成都，我的中央办公厅主任一职已被免去，不便以私交关系送他，实属憾事。又岂知，更为遗憾的是， 10月19日一面，竟成永别！
杨尚昆和彭德怀友谊深厚，情同手足。1998 年初，在撰写纪念周恩来、刘少奇两篇文章的同时，他不顾疲劳，又开始撰写纪念彭德怀百年诞辰的文章。他强调一定要把彭德怀最突出的特点写出来，主要写他时刻以党的利益为重，无私无畏，为党为人民奋斗终生，立下丰功伟绩，最后在蒙冤的逆境之中，革命意志弥坚，是一个真正高尚的人。那年5月，杨尚昆去上海，我随行去上海档案馆查档。这期间，他还召集我们随行人员反复讨论这篇文稿。不料，杨尚昆这次归来后就病倒了，《追念彭大将军》一文是他最后的日子里在病榻上定稿的。
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