1988年1月13日，蒋经国在台北病故，由“副总统”李登辉继任第7任“总统”，1990年3月被选为第8任“总统”，1996年再被选任第9任“总统”，前后在台湾任“总统”达12年之久。1988年任国民党主席，2000年3月24日因在“总统”选举中耍尽权谋，致使国民党丧失了执政地位，被迫提前辞去国民党主席之职。

李登辉，1923年生于台湾省台北县一个日本刑警家庭，从小在台湾受过日本“皇民化”思想的熏陶，二十年代又在日本留学多年，对日本有一种特殊的感情。李登辉至今对那些对中国不怀好意，妄想分裂中国的日本人特别感兴趣，其中日本学者中嵨岭雄，就是他专门聘请的政治顾问，成了他的心腹。1994年3月3日，日本反华分子司马辽太郎访向李登辉时，李登辉和他推心置腹，谈得十分投机，竟说出“生为台湾人悲哀”的长叹，十足的表现出他对日本的情感。

李登辉主政台湾以来，推展“政治转型”，利用权术，击垮了政敌，将台湾党政军特大权独揽，推行“两个中国”、“一中一台”等分裂祖国的“政略”。

“台独”是受美、日等帝国主义支持，竭力鼓吹“独立建国”，妄图将台湾从中国版图上分裂出去的一股反动政治势力。在蒋氏父子主政台湾时，“台独”任何行动言论均属非法，并受到打击，因而“台独”势力在岛内难于生存和发展，纷纷逃往国外。从四十年代到六十年代期间，“台独”活动以日本为大本营，六十年代转移到美国为其基地，1970年1月，台湾独立联盟总部在美国成立，总负责人彭明敏。1983年公开打出“台湾独立建国”，“民主，自决，救台湾”的口号。

李登辉主台后，对“台独”政策发生了一百八十度的大转变。1990年4月李登辉授意召开“国委会议”，特赦“台独”头目施明德、许信良等出狱。专门邀请流亡海外的“台独”头面人物彭明敏之流回台“共商国事”。为了进一步给“台独”分子拓展政治空间，李登辉在废除“惩治叛乱条例”后又修改刑法第100条，从而在海外的“台独”分子纷纷回台，在押的“台独”分子相继出狱，在台湾公开建立“台独”组织，通过“台独纲领”。一些“台独”分子被选为“立委”、“国代”，聘为“国策顾问”，甚至有人提出建立主权独立自主的“台湾共和国”、“中华民国模式的台湾”。从而李登辉已成为“台独”的同路人。

推行“两个中国”的分裂祖国的路线。李登辉上台后，一再顽固反对“一国两制”的方针，坚持“反共拒统”的政策。他先后提出过“一国两府”、“一国两区”、“一个中华人民共和国在大陆，一个中华民国在台湾”，诡称他从未讲过一个中国。1995年6月初，他访问美国康奈尔大学在欧林讲座发表《民之所欲，长在我心》，大肆宣扬“一中一台”，与“两个中国”的谬论。1994年3月，与日本作家司马辽太朗谈话时说“中国一词是含糊不清的”，“主权这二字是危险的单词。”还说什么要带领台湾人建立“台湾人的国家”，1999年9月7日他和《德国之声》记者谈话中说：两岸的关系是国与国的关系，至少是特殊国与国的关系。台湾国民党十五全会8月29日正式通过将两岸是“特殊国与国的关系”字眼纳入该党政治提示案。

李登辉在两岸关系上，虽然在一定范围内开放两岸文化、体育和科技交流。两岸经贸关系也有发展，1988年台湾经香港与大陆的间接贸易总额为27亿美元。1997年两岸间接贸易总额为198亿美元，在大陆的台商厂家已达三万多家。但李登辉仍顽固坚持不接触，不谈判，不妥协的三不政策，1996年9月又提出“戒急用忍”的政策，限制台商到大陆进行直接投资和贸易活动，使台湾经济进入低迷不振的状态。