蒋介石集团率部分国民党军政人员退踞台湾后，于1949年5月l9日颁布了戒严令，宣布台湾地区处于战时动员状况，封闭全省，限制出入境，实行军事管制。封锁大陆消息，严禁一切违禁的言论、出版和罢工、游行等活动。

1950年7月，国民党中常委临时会议通过了《中国国民党改造案》、将一些党政元老、军事将领、派系首领排挤出决策圈；全面更换旧有的党政系统；整肃党内旧有的派系。黄埔、中统、CC、政学系等皆被清除。同时，国民党统治集团整顿各级组织，进行党员登记，发展新党员，培植起一批拥护蒋介石、蒋经国父子的新实力派，建立了蒋氏父子对国民党的绝对控制权；经济上进行了财政整顿，改革币制，稳定物价，同时实行土地制度改革，恢复与发展农业生产。

随着蒋介石的衰老，蒋介石加紧了“传子”步骤。1950年4月蒋介石将“国防部”政工局，扩大为总政战部，由蒋经国出任主任，通过政工、特务控制了军队，可不经陈诚自行派遣及撤换军官。同年夏，蒋经国不通过行政院派出四个省的“游击司令”。1951年3月24日陈诚任“副总统”，1957年10月23日当选国民党副总裁。这不过是蒋介石为了让陈诚过早出局耍的“明升暗降”的把戏。1959年蒋介石连任第三届“总统”，就是为了不让陈诚继任“总统”，进一步培值蒋经国的势力。

1961年蒋经国以总政战部主任、“救国团”主任、“总统府”资政的名义，已控制了军队、特工、党务、青年四大部门，势力已超过了陈诚。陈诚不得不于1963年辞去行政院院长职务。蒋介石为了安抚陈诚由陈诚提名财政部长严家淦为院长，其他各部委一律不动。不久蒋介石又发了一道命令说：陈诚因病虽已免去“行政院长”的烦劳，而日渐康复，但仍不宜操持“副总统”及光复大陆设计委员会主任委员的职务，准其离开台北，择地静养，俾得早日复元。陈诚只好在台北闭门静养，拒见外客了。1965年6月5日陈诚去世。