林芳郁于1950年7月8日生，专长心脏外科、血管外科、基础医学、急诊医学，1975年毕业于台湾大学医学系后，即服务于台大医院外科部迄今。1982年8月至1983年6月期间为协助推动台湾与沙特阿拉伯医疗援助专案，为第一批赴沙医疗服务医师，曾经担任沙外科主治医师。

林芳郁先后曾分别于1983年和1989年期间，赴法国巴黎大学附设医院及日本金泽大学第一外科进修，1989年获得台湾大学临床医学研究所博士学位，且于1993年获得瑞典Eric K.Fernstrom心房颤动研讨会“青年研究者奖”。尔后，一直在不整脉外科治疗持续参研，1995年起升任台大医学院外科教授，先后担任台大医院心脏外科主任及急诊部主任，1999年获得北美台大医学院校友基金会“最佳临床医学教师奖”，于同年月起担任台大医学院医务副院长职务迄今。

2008年 马萧胜选后，遂被任命为台湾地区的卫生署长 ，将于5月20日上任。