2月20日国大开幕典礼后，《公论报》记者请胡适发表感想。胡适说:“我仅有一句话，就是坚决反对总统连任。”2月21日，是会议开幕的第二天，胡适在《征信新闻》发表答记者问。记者问他对修改宪法有什么意见，胡适明确说:“这个我坚决反对，当年(按:指1948年)我曾亲手把中华民国宪法交给蒋先生接受。今天我希望看到它完整无缺……”谈到蒋介石连任问题，胡适说:“我承认曾经说过，最近我没有谈到这个问题，因为我重视的一件事是坚决反对修改宪法。”

这次会议还有一个让蒋介石头疼的问题，就是如何确定代表的“法定人数”。1948年3月伪第一届国民大会召开时，法定人数是3045人，分别由全国各个选区产生，代表任期是6年。但当时的代表逃到台湾的只有1080人，几乎只占总数的1/3，任期都超过了6年。如果增补，只能在台湾地区选举产生，何能代表“中华民国”？蒋介石为了解决这一难题，以“总统批准”的钦定形式使这些赴台代表变成了“变相终身代表”，又在台湾地区增补了230人；并将法定人数由代表总数的1/2降低到1/3。法定人数也改为以1954年“第一届第二次国民大会”报到时的1643人为基准，也就是干脆只以在台湾的代表为基准。这些修正，都为蒋介石连任“总统”铺平了道路。但是，对于蒋介石的举措，胡适和他的朋友们认为没有一点能在法律上和事实上站得住脚，只能“为国家制造乱源”，并暴露出“修宪连任运动”的操纵者途穷技尽的窘态。

在这次会议期间，就表决方式(即记名投票还是无记名投票)问题，胡适跟蒋介石也发生了一次冲突。有一次会议上，代表张知本(字怀九)说:无记名投票只可用于对人，对事应用有记名投票，蒋介石当场问胡适意见。胡适说:“我没有别的话好说，不过对于张怀老刚才说的话，我想补充几句。张怀老说‘无记名对人，有记名对事’这句话，全世界没有一本书上有这样的规定。无记名投票是澳洲发明的，到今天(按:1960年)还只有104年的历史。无记名投票是保障投票的自由，可以避免投票的威胁，因此很快被世界采用。美国宪法是170年前制定的，所以美国宪法上并没有规定无记名投票。据我所知，如禁酒，各州的宪法是不同的，火车经过禁酒的一州时，火车上的酒吧就关上了。否则，是犯禁的，又如妇女参政问题，美国都是用无记名投票的，并没有规定无记名对人，有记名对事。四年前我在美国，美国正在庆祝无记名投票一百年纪念。”

胡适刚讲完，有人心怀叵测地发问:“在台湾谁威胁谁？”胡适又起来说:“我本不想说话。今天总统点名要我说，我才说的。我说的无记名投票是保障投票的自由，可以避免投票的威胁。这是无记名投票的意义。”接着又有人发言主张有记名投票。这时罗家伦给胡适递一张条子，劝他不必答复。最后蒋介石否定了胡适的意见。他说:“这个，我是不懂的。我不用总统的身份，我用代表的身份来说，对于宪法这等重大的事，我个人是反对无记名投票的。”3月11日，“一届国大三次会议第六次全体会议”通过决议:“动员戡乱时期总统副总统得连选连任，不受宪法第47条连任一次之限制。”于是蒋介石在不“违宪”的情况下名正言顺地成了终身总统。

3月21日、22日，举行总统选举。蒋介石获1481票，得票率蹿升到98.1％。有人问胡适:“总统的连任三任是不是他自己的意思？”胡适说:“不知道。如果不是他自己的意思，我想人家不会这样做的。”3月25日，这次会议闭幕。在闭幕式上，蒋介石自得地说:“这次大会的一切程序，都是根据法理来进行处理的。自解释大会名额起，经过修订临时条款，到完成选举，都是遵循宪法所赋予大会的使命来达成的。”

蒋介石的连任，标志着胡适民主宪政思想在台湾的失败。胡适心情的抑郁可想而知。一些不祥的预感浮上心头。会议后期，胡适犯了心脏病。3月24日，胡适抱病在蒋介石的当选证书上签名盖章，因为他是这次会议的主席团主席之一。但他凭着几十年的政治经验，知道会有灾难临头。当《自由中国》同人，公开撰文反对蒋介石连任的雷震来访时，胡适不无忧虑地说:“你说的话，我自己说的话，都会记在我的账上。你不知道吗？……现在你以为《自由中国》出了七版、八版，你很高兴，这都是你的灾害。”

胡适的预言不幸而言中。同年9月4日，雷震以“涉嫌叛乱”罪被捕，判刑十年。