不可否认的是，当时发展新教育的困难也是很多的，譬如合格的师资、教学设备和经费都极其缺乏，其中尤以师资问题最令人头疼。据后来的统计，当时大学及高等、专门学堂的教师，留学日本的占三分之一，出身科举的占四分之一；而中等学堂里出身科举的教师则占到三分之一，小学堂更是占到一半左右。师资教育背景的限制，加上大多数学堂都是在原先的书院基础上建立，新政时期的教育也就难免带有传统教育的颇多痕迹。

为了解决西学人才的匮乏问题，清廷随之大力提倡留学教育，其中又以留学日本为热潮。在新政之前，留学日本的学生很少，在1896年也不过十来个人。后来张之洞在《劝学篇》中极口称赞留学外国效果大，说“出洋一年，胜于读西书十年；入外国学堂一年，胜于中国学堂三年。留学之国，西洋不如东洋，以路近费省，文字易晓，西书多已删繁存要；中、日情势风俗相似，不难仿行”。在张之洞的影响下，当时人出国留学的首选地便是日本。日本驻华公使矢野文雄也在其中大力推动，并称愿为每年接纳二百名学生前往日本而提供便利。而废除科举制度后，清廷更是积极推动官费留学、鼓励自费留学，对学成回国经考核合格的留学生分别赐给进士、举人、贡生等相应出身，并在用人的时候予以优先任用。一时间，海外留学便掀起了热潮，而以留学日本的人最多:1905年，在日留学生达到数千人，第二年甚至接近一万，因为人数增加过快，有三千多人甚至无法正常入学。

当时留学西洋的也有，但人数远不如日本。十九世纪七十年代，中国本来选派了数批幼童前往美国留学，后来因为各种原因撤回。后来去欧美留学的大都为自费或者教会选派，人数也很有限。清末新政后，朝廷和各省也选派了一些留学生前往英、法、德、俄、比等国学习。特别值得一提的是，美国减收庚子赔款后，将退款用于资助中国选派的留美学生，平均每年六十名。为此，当时在北京西郊清华园还设立了游学肄业馆（后改名清华学堂，即清华大学的前身），专门负责选派赴美留学生。值得一提的是，当时留学欧美的人数虽少，但质量却远高于留学日本的学生，他们大都完成了大学教育甚至拿到更高的学位，如赴美留学生；而留日学生参加的大都为速成班，鱼龙混杂，参加革命的倒为数不少。有例为证，1906年清廷举行归国留学生考试，参加考试大多为留日学生，却无一及格，而及格的前五名均为留美学生。

虽然有很多困难，但新式学堂与出洋游学还是让新政时期的教育有了飞速的发展。据当时学部统计，1904年全国的学堂总数为四千多所，学生总数为9万多人。到了1909年，学堂总数增长为5万多所，而学生总数扩展到156万名，其发展速度不可不谓惊人（现在的扩招与之相比，简直不可同日而语）。

新政推行者本以为废除科举会遭到那些传统士绅们（特别是已经获得一定功名的）的强烈反对，但事情的发展却出乎意料的顺利，根本没有发生决策者所担心的事情。相反，那些有钱有势的士绅们非但没有阻挠，反而极为热心的加入到兴办学堂甚至留学海外的热潮中去。这又是为什么呢？

原来，在废除科举、推行新教育的同时，朝廷注意到新旧的衔接，采取了逐步替代的策略，而其中主要采取了这么几个措施:一是在1906年颁布《举贡生员出路章程》六条，广开门路，尽量安排原有的贡员、举人和生员，以稳定那些上了年龄又难以接受新式学堂的那部分士人；二是在兴办新学堂的时候，各级毕业生，从高小到大学，都分别授予附生、举人、贡生和进士的相应功名。这些举措使得那些士绅们得到些许安慰并机敏的停止了抵抗，反而积极投身于新学堂的建设中去，以此来弥补他们在功名上的损失。另外，从1905年开始，学部每年举行一次游学毕业生考试，通过者分别授予进士和举人功名，这也是让很多士绅及其子女对留学趋之若鹜的原因之一。

废除科举制度，不仅仅是人才选拔方式和教育制度的变化，它更是一种社会的变革和对传统社会结构的分解，其影响远远超出了科举和教育本身。从短期来看，废除科举在推动社会进步的同时，也埋下了社会动荡的种子。正如萧功秦先生在其著作《危机中的变革》中指出的，“废除科举制度导致了中国历史上传统文化资源和新时代价值之间最重大的一次文化断裂”，这种制度资源的丧失，同时也为清廷的覆灭起到了釜底抽薪的反作用。

萧功秦先生的话很有道理。中国古代的那些王朝之所以稳定，其关键因素就在于科举制度的存在。正因为有科举制度，朝廷才有一大批的读书人来支持它，而朝廷也提供了一个相对公正的的机会来保证读书人向上流社会流通，由此构筑了传统社会的一种超稳定结构。

不过话说回来，历史总是这样，顺之者昌，逆之者亡。清末科举制度的废除把士子们推向了时代的洪流，不管你是惶恐，还是哀怨，或者愤懑，这终究是不可改变的历史定数。但清廷没有想到的是，废除科举也让那些士子们失去了对朝廷的忠心（因为不需要通过这个来做官了），在随后的革命浪潮中，他们大多袖手旁观，甚至反戈一击，这一顺一逆之间，这大概也是清廷所没有想到的