光绪六年(1880年)春，左宗棠定出三路进兵伊犁之策。

同年四月十八，左宗棠携棺木出关西征，以示与沙俄决一死战。

甫抵哈密，左宗棠忽获廷旨，谕其立即回京，“以备朝廷顾问”。左宗棠保荐刘锦棠继任督办新疆军务。

次年正月，曾纪泽谈判后，签署《中俄改订条约》(即《中俄伊犁条约》)，中国收回了伊犁和特克斯河上游两岸领土。

左宗棠在新疆注意兴修水利、筑路、屯田、植树等等，建议以新疆建省，意义深远。

收复新疆后，左宗棠曾专门到福建林则徐祠拜谒，在林公像前默默悼念。

他写了幅对联:“三吴颂遗爱，鲸浪初平，治水行盐，如公皆不朽；卅载接音尘，鸿泥偶踏，湘间邗上，今我复重来。”

壮志未酬身先死

1881年夏，左宗棠调任两江总督兼南洋通商大臣。

1884年6月，左宗棠奉召入京，再任军机大臣。时值中法战争，法国舰队在福州马尾发动突然袭击，福建水师全军覆灭，左宗棠奉命督办福建军务。

光绪十一年(1885年)7月27日清晨，74岁的左宗棠停止了最后的呼吸。这个拥有“二等恪靖侯、东阁大学士、太子太保、一等轻骑都尉、赏穿黄马褂、两江总督、南洋通商事务大臣”等七个头衔,风光了半生的男人终于退出了历史舞台。

接到丧折后，慈禧太后下诏谕追赠左宗棠为太傅，恩谥“文襄”，赏治丧银三千两。