首任海基会董事长辜振甫

鉴于僵化的“三不政策”，台湾当局无法与祖国大陆进行正式的接触与谈判。1990年11月21日，为应付两岸关系发展的需要以及推行有限的大陆政策，台湾当局成立了“财团法人海峡交流基金会”(简称海基会)，并于1991年3月9日正式挂牌工作。这是以民间团体身份出现的半官方机构，直属于“行政院大陆委员会”，任务是接受“陆委会”的委托，办理台湾当局“不便与不能出面的两岸事务”，人称“陆委会”手套。海基会的首任董事长为国民党中常委、台水泥业巨富辜振甫，副董事长兼秘书长为陈长文、副秘书长为陈荣杰。

海基会成立时的定位是“协调处理台湾地区与大陆地区人民往来有关事务，以保障两地人民权益为宗旨，不以营利为目的”。该会的主要工作有如下7项业务：(1)两岸人民入出境收件、核转及有关证件签发补发。(2)大陆地区文书验证、身份关系证明、协助诉讼文书送达及两地人犯遣返。(3)大陆地区经贸资讯的收集发布，间接贸易、投资及其争议的协调处理。(4)两岸人民有关文化交流事宜。(5)协助保障台湾地区人民在祖国大陆地区停留期间的合法权益。(6)两岸人民往来有关咨询服务。(7)“政府”委托办理的其他事项。

该会成立后立即承担先前由红十字会负责的有关两岸事务性的接触和交往的职能，并派遣该会人士访问祖国大陆各相关部门，建立沟通管道。

1991年汪道涵当选为海协会会长

1991年12月16日，大陆社会团体法人性质的民间团体“海峡两岸关系协会”(简称海协会)在北京成立，它以促进海峡两岸交往，发展两岸关系，实现祖国和平统一为宗旨。汪道涵被选举为海协会首任会长，唐树备为常务副会长，秘书长为邹哲开。海协会成立后的工作重点主要有4项：一、逐步建立和发展与台湾岛内外民间团体、人士的联系与相互合作，发挥民间力量，共同促进两岸的直接“三通”和双向交流。根据国台办的授权，协会将负责与台湾海峡交流基金会有关团体进行联系，处理相关问题。二、就合作打击台湾海峡海上走私、抢劫等问题与台湾授权团体海基会具体商谈。三、协会如受到委托，也将协同有关方面与台湾授权团体或人士就处理台湾海峡海上渔事纠纷和违反有关规定进入对方地区之居民及相关问题进行商谈。四、协会将积极为台湾岛内外各团体、各界人士提供有关祖国大陆投资、贸易和其他交流活动的政策、法规等咨询和服务。同时也积极向祖国大陆有关方面和地方提供对台文化、学术、体育、科技交流等咨询。

两会成立后，充分发挥了沟通化解的桥梁作用。一年内，合作处理了各类突发事件24起，包括渔事纠纷6起、台军驱逐大陆渔民伤亡事件10起，刑事案件8起，建立起了相当良好的协调关系。从1992年3月到1995年6月，两会进行了包括第一次“汪辜会谈”在内的各种层级的总共17次商谈。