从1995年下半年开始，波黑局势突变。在北约的介入、封锁打击下，塞族失去了军事优势，节节败退，被迫走上谈判桌。1995年11月，南联盟、波黑和克罗地亚三国总统（卡拉季奇被排除在外）在美国签署《代顿协议》，波黑内战结束。

1995年7月，海牙法庭指控他犯有反人类和种族灭绝罪、对长达三年多的围困萨拉热窝和“斯雷布雷尼察大屠杀”负有直接责任，并发出逮捕令。1996年9月大选之前,卡拉季奇在西方压力下被迫辞去塞族共和国总统一职。这位在战争期间威震一方的人物从公众视线中消失，过起逃亡生活。

从此，关于卡拉季奇的种种传闻不绝于耳，其中不乏富有传奇和浪漫主义色彩的故事。如卡拉季奇已经多次整容、隐藏在波黑或黑山的深山老林中；他在逃亡过程中还进行诗歌、剧本等文学创作，还给妻子写情书，表达深深的思念之情；期间，北约驻波黑维和部队多次对卡拉季奇进行搜捕，其中一次几乎成功，闯入“其藏身之处”后发现人去屋空，而咖啡尚温。