侯汉君表示，目前，无论洗钱案和 “国务机要费案”，陈水扁都已一道道筑起防火墙，相互之间也都相互串供、口径一致，虽然特侦组在各界压力下，非常卖力地在办，周末都不休假，但检察官有查到或者掌控确实的犯罪证据吗？这些还没有确切的消息。而相对的是，陈水扁那边动作不断，多次下南部为自己造势，两相对比，似乎予人陈水扁弊案可不可能办得下去的怀疑。

面对怀疑，特侦组侦办脚步也逐渐加快，9月25日，特侦组展开大规模搜索约谈行动。检警调动员150人，兵分27路，同步搜索陈水扁住处及办公室，以及吴淑珍大学同学蔡美利家族成员的住处及办公室，其中最重要的目标之一就是吴淑珍的秘密金库，带回将近40箱的证物，并在当天将前“总统府”出纳兼扁家私人账房陈镇慧当庭逮捕并向法院声请羁押禁见。

叶耀鹏认为，“可以说，陈水扁弊案现在已进入新的阶段。检方目前已初步掌握扁家洗钱手法，检方现在清查洗钱流向的做法是采逆势操作，从终端往上查，只要受益人是陈家人，即可确定是扁家洗出去的钱。现在就看新加坡等国提供的司法互助数据及搜查陈水扁家带来的证物资料里能否找到贪污的确切证据。”

在检方与扁大斗法过程中，扁不断祭出各种政治手段，要让特侦组威信扫地。面对律师出身的陈水扁，办案人员透露，特侦组“已经掌握非常有用的东西”，扁家资金的流向已经大致掌握，他们自己也试着绘资金流程图，“已经画了六七分”，缺的部分是司法互助数据，相信不久就可以把扁家资金流向完整描绘出来。

叶耀鹏认为，到目前已经有六个国家同意协助台湾，在国际通力合作的情况下，陈水扁的洗钱案愈来愈有机会真相大白。“特侦组正在非常卖力地办陈水扁的案子，周末不休假，只要办出一个成绩来，特侦组可能就真的一雪前耻，从被消遣的‘特别费侦查组’，变成一个真正是在办大官的特别侦查小组。” (陈小清）