明朝人对袁崇焕的主流评价之源头是崇祯所颁布的上谕。崇祯二年（1629年）“己巳之变”当中崇祯拘捕了时任蓟辽督师的袁崇焕，之后进行了数月的审讯，在会审以后形成了定案，最终以如下罪状处决了袁崇焕：

“谕以袁崇焕付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，种种罪恶。命刑部会官磔示，依律家属十六以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴。今止流其妻妾，子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。”[①]

在袁崇焕的指控里，“以谋款则斩帅”是同时被指控两项罪状，一是“谋款”，二是“斩帅”，所谓“谋款”就是私下密谋与后金议和，所谓“斩帅”就是谋害了毛文龙。“以谋款则斩帅”加到一起就是指控他因私下与后金议和所以谋害了毛文龙。

因议和而杀害边帅的情节，与秦桧谋害岳飞实在是太相似了，所以后来明末的史学研究者都对这一情节特别留意，并形成了主流。

“许上五年复辽；既而惧上责效，欲复修款议。恶文龙扰之，乃决计斩文龙”[②]

“无以塞五年平胡之命，声言折冲，虑毛文龙泄其计，是身入岛诱文龙至……以尚方剑斩之。[③]

“崇焕既杀文龙，密报于清议和。清主大喜，置酒高会。”[④]

“建州曰：‘果尔，其以文龙头来。’崇焕信之，且恐文龙泄其款计，遂身入岛诱文龙至……以尚方剑斩之。”[⑤]

“崇焕以女直主殂，差喇嘛僧往彼议和，杀毛文龙以为信物。”[⑥]

“无以塞平东夷之命，遂以平东夷自诡。虑岛帅毛文龙泄其计，遂身入岛，诱文龙斩之。”[⑦]

“崇焕阳主战而阴实主款也，甚至杀东江毛文龙以示信。”[⑧]

“崇焕捏十二罪，矫制杀文龙，与秦桧以十二金牌矫诏杀武穆古今一辙。”[⑨]

这是明朝人对袁崇焕评价的基本脉络，而阎崇年教授却对此提出了不同的见解。阎教授在《明亡清兴六十年》中对袁崇焕的罪状逐一进行了反驳：

一、付托不效

所谓“付托不效”。是指崇祯皇帝命袁崇焕为蓟辽督师，指望他五年复辽；而他辜负了皇帝的嘱托，致使后金军队长驱直入，攻打京师，给明朝带来极大的震动和损失。

面对后金铁骑长驱直入，作为兵部尚书、蓟辽督师，袁崇焕应当承担自己的责任……袁崇焕受明帝付托，诚心竭力，任事封疆，于朱明社稷，可谓“义气贯天，忠心捧日”。他提醒过要重视蓟镇的防守，而且他的防区主要在关外而不在蓟镇。但是，袁督师“付托不效”之责还是有的，而将后金入犯京师全部责任加到他一人身上，以显示主上圣明，这对袁崇焕则是不公平的。[⑩]

阎教授以袁崇焕主要防区不在蓟镇为由为其开脱，认为要把后金入犯京师的全部责任加在他一人身上不公平。

我等草根认为，阎教授这里的说辞略有不妥，因为袁崇焕是专责对付后金的“蓟辽督师”，后金无论从哪个防区突破，都应该是他的责任，不能因为后金在辽东，而袁崇焕主要防区也在辽东，所以后金只要没在辽东突破，就没有他的责任。若按照阎教授那样的逻辑，是否可以认为后金入犯的京师，更不是袁崇焕的防区，而应该由京营来负责？

另外，阎教授所谓“将后金入犯京师全部责任加到他一人身上”的说辞并不成立，因为和袁崇焕一起论罪的还有兵部尚书王洽、蓟辽总督刘策，只不过这两人没有他那么多罪状而已。