台湾媒体曾做过民调，在一项“蒋介石、蒋经国、李登辉谁对台湾贡献最大”的调查中，蒋经国的支持率要高出另外两位一大截，其民望非同一般。而在启动台湾民主转型、推动台湾经济腾飞、个人作风廉洁勤政等带来的岛内历届领导人“第一名望”的光环下，蒋经国在“戒严时期”犯下的诸种“罪状”，也总被民进党拿来当说辞。这个民进党眼中的这个“广受爱戴的独裁者”究竟是怎样一个人？他在长达38年的时间里对于台湾“白色恐怖”所应承担的责任究竟有哪些？他究竟又是如何当上台湾“情报头子”的呢？

败退台湾后，国民政府面临着几乎失控的社会秩序，强大而有效的特务机关对于他们稳定局面十分重要。1950年3月，蒋介石任命蒋经国为“国防部总政治部主任”，兼任特设的“总统府机要室资料组主任”。这个位置“位轻权重”，它既可以命令“台湾保安司令部”等相关部门执行具体命令，又可以通过对情报特务机关人事任免的备案，掌握全岛特务名单，说它是台湾情报机关的决策指挥机构也毫不夸张。

迁台之初，台湾的情报系统主要有两股势力:其一是台湾原先最大的情报单位——保安处，它是沿袭日占时期驻军司令部“特务机关”和抗战时期的“战区第二处”的编制而设立的；其二是以大陆过来的“中统”和“军统”系统为班底的保密局。这两股势力的头子分别为:彭孟缉和毛人凤。

要整合台湾的情报系统，必须先搬掉这两块石头。对于这位横空出世的蒋主任，明眼人一看就知道是怎么一回事，彭、毛虽然内心不服，但也没有办法。为了能让蒋经国尽快上位，蒋介石首先亲自出手劝退了“中统”的陈立夫 ，其后授意蒋经国多次在公开场合宣称:“军统、中统两大特工组织合为一家，严加整肃，统一运筹。”此话一出，毛人凤再也坐不住了。毛人凤反唇相讥:“情报是很专业的工作，不能由外行来领导内行。”蒋经国不动声色，私下将毛人凤的班底骨干一一拉走，使得毛只剩下一个“光杆司令”。毛人凤去求助蒋介石，哪知竟遭到蒋介石一番训斥。被逼无奈，毛人凤不得不去求宋美龄。在宋的调停下，蒋经国才留了一点余地，没有将毛赶尽杀绝。逃过一劫的毛人凤，从此一蹶不振，几年后便撒手西游。

相对毛人凤，彭孟缉则很容易对付。一方面，彭孟缉只是一个“台湾省保安中将司令”，当时台湾岛“将星如云”，上将、中将一抓一大把，所以毫不起眼；另一方面，彭孟缉一直供职于军队，在情报系统没有什么家底，当初，蒋介石也是希望对毛人凤有所制约才将他安插进情报系统的。然而，毛人凤的遭遇无疑是“前车之鉴”。在彭孟缉完全按“太子”眼色行事，不敢有半点出轨。有论者说，1950年代初的“台湾白色恐怖”基本上是由蒋经国在幕后，彭孟缉在台前联手策划和导演的。两年以后，彭孟缉谒见蒋介石，自称德才浅薄，不堪重任，推荐蒋经国任“台情会”主任委员。蒋介石大喜过望，马上同意。

1954年，蒋介石再次改革情报系统，一方面设立以郑介民为局长的“国家安全局”，撤掉“总统府机要室资料组”，该局直属于蒋经国任副秘书长的“国防安全会议”，由于主席和秘书长都是兼职，蒋经国成为“国家安全局”的实际领导者；另一方面以原保密局为班底分别设立仿照美国“中央情报局”(CIA)模式的“国防部情报局”和仿照美国“联邦调查局”(FBI)模式的“司法行政部调查局”。此外，像宪兵部队、大陆工作会、海外工作会、驻外武官处等情报机构均定期向“总政治部”及“国家安全会议”报告，接受督导。至此，蒋经国成为全岛超过5万特工人员的“共主”。蒋经国掌握的情报系统，严格执行蒋介石“保密防谍”的旨意，延续了1949年5月以来的“非常戒严”气氛，甚至有过之而无不及。