清廷随后发布谕旨，宣布从光绪三十二年（1905年）开始，停止各级科举考试。由此，延续了一千多年的科举制，在清末新政还不到五年便被彻底废止。但是，停止科举考试之后，那些读书人的出路问题怎么解决呢？

所幸的是，新政的决策者们比康有为那些维新派要成熟老练许多。他们在废除科举的同时，也及时采取了逐步替代的补救措施，那就是建立新的教育体系，来解决教育内容的更新和读书人的出路问题。在1901年开始改革科举的同时，清廷便决定选派人员出国游学，重开京师大学堂，并在原有书院的基础上改建西式学堂，以逐步取代旧的教育体系。

当时发展新教育的困难是很多的，譬如合格的师资、教学设备和经费都极其缺乏，其中尤以师资问题最令人头疼。据后来的统计，当时大学及高等、专门学堂的教师，留学日本的占三分之一，出身科举的占四分之一；而中等学堂里出身科举的教师则占到三分之一，小学堂更是占到一半左右。师资教育背景的限制，加上大多数学堂都是在原先的书院基础上建立，新政时期的教育也就难免带有传统教育的颇多痕迹了。

为了解决西学人才的匮乏问题，清廷随之大力提倡留学教育，并对学成回国经考核合格的留学生分别赐给进士、举人、贡生等相应出身，在用人的时候予以优先任用，一时间使得海外留学掀起了热潮。张之洞在《劝学篇》中也极口称赞留学外国的作用大，说“出洋一年，胜于读西书十年”，“留学之国，西洋不如东洋”，因为“路近费省，文字易晓，西书多已删繁存要；中、日情势风俗相似，不难仿行”。在张之洞的影响下，当时人出国留学的首选地便是日本。由此，留学日本的人便开始激增，1905年的在日留学生达到数千人，第二年甚至接近一万，因为人数增加过快，有三千多人甚至无法正常入学。

当时留学西洋的也有，但人数远不如日本。十九世纪七十年代，中国本来选派了数批幼童前往美国留学，后来因为各种原因撤回，后来去欧美留学的大都为自费或者教会选派，人数也很有限。清末新政后，朝廷和各省也选派了一些留学生前往英、法、德、俄、比等国学习。

特别值得一提的是，美国减收庚子赔款后，将退款用于资助中国选派的留美学生，平均每年六十名。为此，当时在北京西郊清华园还设立了游学肄业馆（后改名清华学堂，即清华大学的前身），专门负责选派赴美留学生。有意思的是，当时留学欧美的人数虽少，但质量却远高于留学日本的学生，他们大都完成了大学教育甚至拿到更高的学位，而留日学生参加的大都为速成班，鱼龙混杂，参加革命的倒为数不少。有例为证，1906年清廷举行归国留学生考试，参加考试大多为留日学生，却无一及格，而及格的前五名均为留美学生。

虽然有很多困难，但新式学堂与出洋游学还是让新政时期的教育有了飞速的发展。据当时学部统计，1904年全国的学堂总数为四千多所，学生总数为9万多人。到了1909年，学堂总数增长为5万多所，而学生总数扩展到156万名，其发展速度不可不谓惊人。

新政推行者本以为废除科举会遭到那些传统士绅们（特别是已经获得一定功名的）的强烈反对，但事情的发展却出乎意料的顺利，根本没有发生决策者所担心的事情。相反，那些有钱有势的士绅们非但没有阻挠，反而极为热心的加入到兴办学堂甚至留学海外的热潮中去。这又是为什么呢？

原来，在废除科举、推行新教育的同时，朝廷注意到新旧的衔接，采取了逐步替代的战略，这其中主要采取了这么几个措施：一是在1906年颁布《举贡生员出路章程》六条，广开门路，尽量安排原有的贡员、举人和生员，以稳定那些上了年龄又难以接受新式学堂的那部分士人；二是在兴办新学堂的时候，各级毕业生，从高小到大学，都分别授予附生、举人、贡生和进士的相应功名。这些举措使得那些士绅们得到些许安慰并机敏的停止了抵抗，反而积极投身于新学堂的建设中去，以此来弥补他们在功名上的损失。另外，从1905年开始，学部每年举行一次游学毕业生考试，通过者分别授予进士和举人功名，这也是让很多士绅及其子女对留学趋之若鹜的原因之一。

废除科举制度，不仅仅是人才选拔方式和教育制度的变化，它更是一种社会的变革和对传统社会结构的分解，其影响远远超出了科举和教育本身。