袁世凯认为革命党方面违约，耿耿于怀，伺机动作。但是，昔日的“伙计”唐绍仪规劝昔日的“老板”：“共和已成定局，乃人心所向，惟一之法，立与孙中山周旋。”经过好一阵子南北互相攻讦，意见纷纷。孙中山处境维艰，无钱无兵，只好让出临时大总统。袁世凯当上了梦寐以求的总统，这才迫使清帝退位。

在北京登上了临时总统宝座，袁立组政府。谁来担任总理一职?袁氏毫无疑义地任命早年的“搭档”唐绍仪为中华民国第一责任内阁国务总理。

袁唐二人终致反目

清廷的遗老遗少们万万没有料到，曾担任清政府外务部侍郎、邮传部尚书、奉天巡抚、袁总统内阁国务总理的唐绍仪，竟加入了革命党的同盟会!唐绍仪执掌袁政府时，其行为极富民主色彩，处理政事十分倾向同盟会，这大大出乎袁世凯的意料。袁越来越觉得唐总理陌生，不止一次地提请唐“有所为，有所不为”，说白了，袁是要唐“吃主的爵禄报主的恩”。袁知悉自己所选择的人与己同床异梦，于是自己独断专行，迫使唐绍仪无法施展抱负。唐绍仪觉得与其当这空头总理，倒不如掼了“帽子”，无官一身轻，于是一纸辞呈交与袁。袁还假惺惺地说：“才任职四个月，怎么就辞了呢!”唐绍仪回说：“也不算短了。”两人再也无言。

唐绍仪从此结束了在京的高层政治生涯。局外人不详其故，只有伍廷芳这位与唐曾为议和对手的袁政府外交总长，深悉唐所追求的是民主共和，绝不会与有极大野心的袁氏为伍。

追随孙中山革命

1913年3月中旬，《鄂州宪法》的起草人宋教仁受袁世凯之邀(实则是骗他去的)，拟去北京商讨建国大计。可是宋教仁3月20日从上海火车站准备北上时，被袁世凯出重金收买流氓暗中杀害。于是，袁借机撕毁《临时约法》，发动内战，镇压孙中山领导的讨袁军，紧接着解散国会，大权独揽。这些，都超过了唐绍仪的想像，唐没料到袁世凯竟“走”得如此之远。在万分悲愤中，唐与汪兆铭、蔡元培等联名致函袁世凯，要求袁“为国家计，为公(袁)计，例当引避、辞职”。此时的袁世凯，私欲已经极度膨胀，怎会听此忠告，只能是愈走愈远，直至复辟帝制。

唐绍仪在上海议和时，见过孙中山，对孙中山的高尚气节，佩服得五体投地，认定孙中山有伟人之风骨。深入研读孙中山的著述后，唐完全融入孙中山的精神世界中，孙的革命信息影响了唐绍仪，使唐毅然与袁决裂。

唐绍仪迁居天津，不甘为寓公，决心通过传媒为其民主思想作宣传，支持孙中山的革命主张，于是与汪兆铭、胡汉民创办《民国报》。由于资源限制，报纸无以为继，唐只得转还故乡广东，不久才再迁沪上，为生活计，从事保险业。

民国五年(1916年)，多行不义的袁“皇帝”终于暴病身亡。消息传到上海，唐绍仪顿觉中国又有了希望，希望就在于孙中山能够成为领袖，领导全国人民走民主的道路。唐绍仪认为国民素质不高，改良中国须从教育办起，于是他创办了复旦大学。他宣传他的主张：不要流血，以改革入手，提高民主意识，提高民生。

袁死之后，北洋走马换“总”(统)，真个是你方唱罢我登场，一片混乱。非常国会的有识之士们，一致在广州选举孙中山为海陆大元帅，设立大元帅府。为追随孙中山，唐绍仪再度出山，任财政总长，继而任七总裁之一。民国八年(1919年)2月，唐绍仪奉命代表南方政权赴上海，与北洋政府代表朱启钤进行和议谈判。朱启钤经不住唐的正义与婉转的劝说，表示出和平的倾向。可惜由于段祺瑞“执政”的蓄意破坏，南北和议流产，南北又陷入流血斗争之中。