新疆古称西域，汉武帝反击匈奴后，西汉置西域都护府，将该地正式纳入汉朝版图，成为中国统一的多民族国家的重要组成部分。在漫长的历史岁月中，每逢中原王朝衰弱之时，西北地区便往往出现少数民族乘机而起建立的割据政权。清初，厄鲁特蒙古曾在伊犁地区建立准噶尔政权，并强极一时，历噶尔丹、策妄阿喇布坦、噶尔丹策零各汗，长期与清朝对峙。乾隆十年（1745年）以后，准噶尔政权陷入内乱，乾隆帝抓住有利时机，将其一举荡平，统一了新疆地区。面对这一辽阔广大的地区，乾隆以其最高统治权威，又发出了大兴屯田的号角。

战乱后的新疆，给屯田提供了有利的条件，但也产生了许多不利因素。最有利的是自然条件好，新疆中部横亘着天山山脉，把全疆自然划分成南北两部分，今天俗称北疆和南疆，清时一般又称天山以北为北路，天山以南为南路。北疆地区沙漠较少，草场茂盛，土肥地沃，适宜耕牧。厄鲁特蒙古四部中，辉特部游牧于雅尔（今新疆塔城附近），杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河流域，和硕特部游牧于乌鲁木齐，准噶尔部游牧于伊犁，四部共有二十万户，六十多万人。准噶尔政权割据新疆时，从天山南部迁移数千户维吾尔人在伊犁附近地区种地交粮，因此北疆地区农牧业蓬勃发展，成为支撑准噶尔政权的物质保证。乾隆十年，噶尔丹策零逝世，准噶尔政权长期内乱，大批牧民为逃避战乱，纷纷投降清朝。尤其十八年（1753年），和硕特部台吉三车凌等人来降，次年辉特部台吉阿睦尔撒纳、杜尔伯特部台吉讷默库等率二万余人投降清朝，给乾隆决策用兵准噶尔以可乘之机。

乾隆用兵准噶尔时，曾决定在其地仍设四汗，“众建之而分其力”。当准噶尔汗达瓦齐未被清军俘获时，乾隆就提出封阿睦尔撒纳等人分别为四部汗，“朕视准噶尔众台吉与喀尔喀诸部落无异，凡事俱一体办理。四卫拉特台吉亦应照喀尔喀，每部落设立盟长、副将军各一员”《清高宗实录》，卷490，3页。，由清政府设驻扎大臣管理四部事务。阿睦尔撒纳图谋当四部总汗未遂，发动反清叛乱，乾隆仍坚持设四汗的计划，宣布噶勒藏多尔济为绰啰斯汗，车凌为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济为和硕特汗，巴雅尔为辉特汗，表示待平定阿睦尔撒纳之后仍按四部体制管理。但后来辉特汗巴雅尔、绰啰斯汗噶勒藏多尔济先后参与叛乱，清定北将军班第、定西将军策楞，参赞大臣鄂容安、玉保，副都统和起、唐喀禄，领队大臣满福等重要将领战死，其中不少将领是被叛军以投降为名诱杀的。乾隆据此认为厄鲁特蒙古不可信任，放纵清军大开杀戒，和硕特汗沙克都尔曼济就是在这种猜疑情况下被清军误杀的。长城以北号称塞外，从来没有天花，而清军平叛过程中，天山北部流行天花。厄鲁特牧民大量出痘而死，或因避痘外迁，或避乱外逃，造成当地人口锐减。清人魏源说：“计数十万户中，出痘死者十之四，继窜入俄罗斯、哈萨克者十之三，率歼于大兵者十之三，除妇孺充赏外，至今惟来降受屯之厄鲁特若干户，编成佐领昂吉，此外数千里间，无瓦喇一毡帐。”魏源的说法基本反映了人口下降的情况，但有些事实要予以澄清：1.清军入伊犁之前若干年，北疆牧区厄鲁特四部因争夺汗位，互相残杀，人口实际已处于大量下降阶段；2.乾隆继位之后，厄鲁特蒙古不断地内逃，历史上此类记载甚多；3.有些厄鲁特牧民被清政府迁移内蒙古地区居住，像杜尔伯特三车凌部，达什达瓦部就是如此，这种减少和战乱死亡不可同日而语。

乾隆在新疆实行屯田，就是为了解决人口锐减问题而采取的必要措施。清统一新疆以后，北疆成为国防最前哨，恰巧又和最富侵略心的沙俄为邻。沙俄一贯积极支持准噶尔政权分裂祖国的活动，甚至收留阿睦尔撒纳，因其出痘身亡才将尸体交给清政府。对于沙俄的居心乾隆是非常清楚的，只有派重兵守卫以伊犁为中心的北疆地区，才能有效地阻止沙俄对中国领土的蚕食。北疆人口稀少，给大批驻兵带来很大困难，军粮没有保证，其他后勤支援更谈不上，就是从新疆最近的甘肃省调拨粮食，运至伊犁也有数千里之遥。长途运输，民力艰难不说，甘肃地瘠民贫，本省经常仰赖陕西粮食，实际上是无粮可调。若从内地供应，财政负担势必激增，清政府与准噶尔对峙近七十年，每年在西北地区耗掉了大量军费，乾隆下决心解决准噶尔问题，正在于一劳永逸，彻底摆脱军费负担。既不能增加财政负担，又要巩固西北国防，在他看来，舍屯田别无出路。

新疆北部的屯田，乾隆以前就已有之。“新疆屯田，始康熙之季，察罕诺尔地驻兵，因于苏勒厄图、喀喇乌苏诸处创屯种，令土默特兵千，每旗一台吉，遣监视大臣一人。而哈密、巴里坤、都尔博勒及西吉木、布隆吉尔等，咸议立屯，命傅尔丹、苏尔德、梁世勋分职其事。”《清史稿?食货一》，卷120。那时的屯田，仅是清政府解决军粮不足的辅助手段。乾隆二十三年（1758年），清军平定阿睦尔撒纳的战争接近尾声，大批绿旗兵退出战场成为闲员。当时清军粮食不足，杂以羊只供应，很多羊死于驱赶途中。乾隆想到不能让这些脱离战斗的绿旗兵坐耗军粮，就命令驻守巴里坤的参赞大臣永贵率领绿旗兵，“广为垦种，以裕军食”。永贵组织绿旗兵在乌鲁木齐、辟展、托克三、哈喇沙尔、罗克伦、昌吉等处开荒种地。据永贵报告，当年参加种地的士兵三千六百名，开荒二万九千三百亩，秋收得粮三万五千八百石，为往年三倍以上《清高宗实录》，卷559，19页。。乌鲁木齐周围地区类似的屯田兵最多时有一万三千四百名。乾隆认为这些屯田兵“多系闲住，不妨暂令乘时布种”，仍是作为解决军食的临时手段。将屯田作为保卫边防、开发新疆的主要措施是在清政府平定回部之后开始的。

开发新疆：大兴屯田

新疆北部的屯田，是乾隆亲自规划并且倾注了全副精力搞起来的。二十三年（1758年）四月，乾隆就强调指出：“惟明岁驻兵屯田，最关紧要。虽乌鲁木齐等处现在耕种，而伊犁尚属荒闲，倘被布鲁特等侵占，又须经理。朕意于伊犁等处驻扎索伦兵及健锐营兵两三千名，合之绿旗屯田兵丁，声威自壮。”《清高宗实录》，卷560，7页。乾隆曾计划召定边右副将军兆惠到北京详细布置屯田事，后来因兆惠负责指挥进剿霍集占叛乱，改由陕甘总督黄廷桂主持此事。黄廷桂打算由东起巴里坤、西至伊犁，七处地方同时修筑城堡，派遣兵丁，开展屯田。黄廷桂为此要求供给种子七八千石，农具五六千副，驼马一万五千只。军机处接到黄廷桂的报告后，认为根据国家财力，一时无法凑齐如此庞大数量的农具和驼马供给屯田士兵。乾隆反对黄廷桂的主张，认为黄廷桂表面上雷厉风行，实质上是脱离实际空想。不久，黄廷桂又提出大量招募维吾尔族人屯田的办法，参赞大臣舒赫德也提出于伊犁派满洲、索伦兵四千，绿旗兵四千前往驻防，派维吾尔人三千户屯田的办法，都被乾隆否定。乾隆的方针是“伊犁屯田应由近及远”，若是一下子聚集满汉兵丁及维吾尔人逾万，是无法妥善安置的。他具体说道：“至于屯田伊始，或派兵五百名防守，回人（指维吾尔族）五百户耕作，计所获之粮，足敷食用，再议开扩。”《清高宗实录》，卷599，44页。他的办法是尽量不依靠国家财政，由屯田自身积累逐步扩大规模。

伊犁地处西陲，其屯田最受乾隆重视。二十四年（1759年）冬天，命令办事大臣阿桂从阿克苏率兵五百名、回人三百户赴伊犁开始试种。他指示阿桂，“伊犁向为准夷腹地，故穑事颇修。今归我版图，若不驻兵屯田，则相近之哈萨克、布鲁特等乘机游牧，又烦驱逐”，着重强调屯田驻兵是巩固国防建设的大事。他还告诫阿桂，一定要抓好屯田，不可苟且塞责，存早想京师之念。阿桂率领五百士兵和三百回户，在伊犁河南岸海努克地方安营扎寨，开始了历史性的事业。