事实上，马萧之间并非那么和谐，只是这部分在选前一直被压下。据了解马阵营运作的人士证实，选战过程中，萧万长其实是“意见很多”的，包括对马英九的第一策士金溥聪他都有意见。据一位萧万长曾向他提及此事的友人表示，萧万长曾当面向马英九抱怨金溥聪为何不来开会，并对金溥聪一个人就可以否决大家做好的决议颇不以为然，该友人转述，萧万长认为，大家都是大人了，如果金溥聪一个人就可以改变大家的决定，那开会要干嘛，“没意思了嘛！”

除了对选举操作有所主张外，在重大的决策上，萧万长也不是没有过“凌驾”马英九的纪录。最明显的就是反对“中选会”以政党比例的方式组成，以及在“立委”选前喊出“拒领公投”，等等事项都与当时的马英九不同调。据了解，马英九曾就此“提醒”萧万长，这些事情上，他“有不一样的看法”。

了解马营运作的人士指出，萧万长是一直到“薄萧会”被意外曝光后，在第一时间“不能说”的反应，让外界觉得他似乎真的去向美国人告洋状，将此危机处理得“里里落落”后，才“比较不啰唆了！”

权力矛盾 选前回避选后再起

马萧的矛盾当选前被团队刻意回避，当选后，一通手机短信，再度撩起二人的权力禁忌。

萧万长曾向友人提及，此次能去博鳌会，最早的起源是3月22日当选后的一通短信。当时，大陆方面某高层的幕僚发了封道贺的短信给萧万长的幕僚，大意是“我老板以及我老板的老板恭喜你们老板当选”，在那之后，萧阵营也回了封感谢的短信，短信的往来开启自1949年以后两岸公开的最高层级接触，但也因此在萧万长与马英九之间，埋下“谁才是老板”的引信。

萧万长与领导人的互动，过去曾有两个故事。2003年陈水扁请萧万长担任“总统府”经济顾问小组召集人，据指出，曾有与扁、萧都非常熟稔的企业老板，直接对陈水扁的亲信、前“总统府”副秘书长马永成讲，“要小心，萧万长！”该企业友人的提醒显然听进了陈水扁的耳朵，因为扁之后即以找萧万长来是“请鬼拿药”，撤换了萧万长。

其次是更久以前，李登辉与萧万长之间。李登辉启用萧万长担任“行政院长”，不过，却曾有过萧万长连李登辉的面都见不到的情况。后来是透过李登辉的民间友人何既明医师居中穿梭，李才要萧万长以后要见他，直接找总管李武男传达，不必经过“总统”办公室主任苏志诚，萧万长这个“行政院长”才见得到李登辉“总统”。只是，好不容易搭起的李萧关系后来也不如预期，因为萧万长在台湾面对金融风暴的处理上让李登辉非常不满意，几乎到“开骂”的程度。