强调两岸和平与稳定，但“不排除‘台独’选项”

王金平自1990年以来多次来大陆，1991年9月在北京受吴学谦副总理的接见，1992年9月曾陪同其妻到大陆求医。此一时期的王金平主张发展两岸关系，建立和平解决争端机制，认为两岸仍以统一国家为目标，但“台湾必须争取国与国的对等地位”，以此作为两岸政治谈判的前提。

自担任连宋竞选总部主委后，王金平在两岸问题上的态度出现了一些微妙的变化。一方面，他认为南部“独”的意识比较强烈，但不关心或不同意“独立”的人还是很多，强调“只要稳定与和平，台湾才能全心全力推动政治清明、经济发展、财政稳健，也能进一步提升民众所得，改善居住环境，真正享受到幸福美满的生活”，不至于造成“统独”之间的内耗，造成大家更不团结、更加对立。另一方面，他在2003年12月15日接受媒体采访时表示，泛蓝的两岸政策以“维持现状、台湾主权、台湾优先”为基调，泛蓝军至今没有否认“一边一国”，也绝对不会反对“台独”，在维持现状前提下，不排除“台独”成为台湾未来选项之一。敏感的岛内舆论分析，不排除“台独”选项是选战开打以来，泛蓝军战略的一次大跃进，其转向幅度之大，不亚于由反对“公投”转而以“公投”与泛绿军对抗。

2004年底“立委”选举前后，王金平在两岸关系方面又提出了一些新的主张。在两岸关系定位上，王金平于8月15日提出“两区三通”新论述，称此提议回避了台当局“两国”与大陆“两岸”的“难题”。在两岸交流方面，王金平于2004年9月19日表示，两岸关系应尽快解冻，有助于台湾加入亚洲经济体系，否则台湾会被边缘化，经济发展会窒息。在两岸协商方面，2005年1月1日，王金平表示，希望年内前往大陆访问，针对和岛内民众福祉相关的措施和议题，与大陆进行实质性的协商和讨论。