2007年2月13日，时任国民党主席的马英九因为台北市长任内牵涉的特别费案，被检方以贪污罪起诉，马英九随即对外宣布，辞党主席，投入大选。

从这一刻开始，国民党内首席副主席吴伯雄暂时扛下了党主席的职务，并立刻面临两项难题，首先，必须修改国民党章内的“排黑条款”，试图为马英九量身打造出拼大选的路，这引起当时的竞争对手——台湾“立法院长”王金平的不满，“马王情结”对国民党内部团结造成不小的杀伤力，吴伯雄多次居中牵线，安抚两人，并请出荣誉党主席连战出面协助稳定变局，极力塑造出国民党团结的形象。

接着在当年4月份，吴伯雄正式当选为国民党主席，并在5月2日的中常会上，顺利通过提名马英九代表国民党参选2008年台湾大选。

马英九踏上了竞选之路，而正式接掌党务的吴伯雄，带领国民党先后打赢2008年1月的立委选举，和同年3月的大选，让蓝军重新站上执政的舞台。在这之后，吴伯雄几番前往大陆参访，也被视作是帮助马英九推动两岸政策理念。

然而，就在吴伯雄两年四个月的任期，即将届满之前，从今年4月初开始，台北政坛开始热论马英九是否兼任国民党主席的议题，马英九自己更在一次接受电视台的专访中，首度松口领导人兼任党主席有利推动施政，马英九个人意念引发的连续效应，持续发酵，马上吴下态势底定，国民党也因马英九这次意志的主导，即将重回党政合一的老路，