据7月25日环球时报报道 马英九8月12日首次出访，美国不安排他过境纽约，而是在洛杉矶和旧金山，待遇还不如陈水扁。一些舆论开始对台美关系表示担忧。《中国时报》24日分析说，“北京奥运会刚好在8月举行，此时美方若让马风光过境，确实有些困扰，加上华盛顿保守派认为台湾向大陆倾斜，因此以西进西出、单纯过境的规格，向马释放若干信息”。

据了解，台湾地区领导人过境美国，美方的接待档次分为4个等级:第一级是过境纽约，且要看停留时间，能不能过夜；第二级是过境洛杉矶、旧金山这类有大批华人居住的大城市，台湾可以举办侨宴造势；第三级是过境迈阿密、西雅图等美国城市；第四级是最差的，就是过境阿拉斯加、夏威夷和关岛等美国本土以外的地区，而且连过夜都不准。按此标准，美国只给了马英九二级待遇。比较而言，陈水扁2000年刚就任时曾在纽约过夜，并大宴宾客；2003年，他过境纽约时还曾公开发表演说。

美国传统基金会研究员谭慎格还结合目前的美台军售关系说:“过去美台之间是不讲话，现在是正式离婚。”

此外，“总统府”23日还与记者协调，要求他们在马过境期间“完全封口”，电子媒体不可传视频，平面媒体不能传稿，必须等马离境后才能作业。这也与陈水扁过境时的大张旗鼓形成鲜明对比。