民间对日本的不满情绪，也将成为台湾方面筹码，为台日渔权谈判注入能量，府方人士形容“任何事情都可能化危机为转机”。他指出，释回船长与要求赔偿是短期目标，是跟随新闻脉动的必要反应，但长期来说还是要迫使日本重回渔权谈判桌，才是解决问题的根本办法。

但“外交部”与“海巡署”显然在协调上出了大问题，让和星舰犯了“先入后出”的致命错误，民怨沸腾，连国民党“立委”都群情激愤；“总统府”与“国安会”意识到事情已难“大事化小”，但至少不能“大事化大事”，府方必须进行损害控制。