为处理转型正义问题，马英九回应学者陈芳明建议时说，曾考虑把做过日本殖民总督府的“总统府”改为历史博物馆，“总统府”迁到关渡。（图片来源:台湾《联合报》）

对于向陈芳明请益，马英九表示，陈芳明当年是民进党文宣部主任，但近几年对民进党一些作为，“有非常深入、诚恳而贴切的评论”，可说爱之深、责之切，“我觉得民进党有他这样一位诤友，其实是很宝贵的资产。”

陈芳明回应，他在选战期间支持民进党“总统”候选人谢长廷，因为谢主张和解共生，这是台湾新民主阶段的核心价值；台湾应开创新的气象。