1981年底，31岁的马英九回到台湾，步入政界发展，首份公职为"总统府"第一局副局长，是蒋经国的英文翻译。1984年出任国民党中央党部副秘书长，1988年任"行政院"研考会主委兼"大陆委员会"执行秘书，1991年升任"陆委会"副主委兼发言人。

1993年连战出任"行政院"院长，43岁的马英九受邀出任"法务部"部长，以大力铲除台湾地方上黑金势力受到瞩目。1996年，马英九转任为行政院政务委员。

1998年的台北"市长选举"，马英九以51.13%的得票率击败同为48岁的原市长陈水扁（得票率45.91%）而获得胜选。2002年以64.11%的得票率击败民进党候选人李应元（得票率35.89%）获连任。

马英九妻子为周美青，育有二女。