李鸿章与格兰特在就琉球问题与日本调停前的合影。

琉球国灭亡之后，各方势力就琉球国的地位问题还展开了几次谈判。已经设立总理各国事务衙门的清朝，为了保持自己的面子，曾派遣李鸿章，邀请在中国游览的美国前总统格兰特作为调停人向日本施加压力，希望国际舆论站在自己这边，同时证明日本的行为是不义之举。

格兰特的到达使日本非常紧张，因为日本和羽翼丰满的美国此时都想在亚洲争夺广阔的市场空间和原料产地，所以对格兰特以国宾的最高规格加以对待。

格兰特对伊藤博文（即马关条约签订者，日本杰出的政治家。甲午战争后，清朝曾计划聘请他取代李鸿章。）表示，美国和西方列强对日本中世纪一般的吞并手段很看不过去，而且英国和清朝关系密切，若是得罪英国等西方国家，日本一定会得不偿失。但如果能保持清朝作为天国的面子，将琉球岛链中的太平洋入口让给清朝，和中国分治琉球，清朝或许能够接受。

在格兰特调停的时间里，世界各国舆论忽然传出清政府从英美德等国大举采购军舰枪支，为武力支持琉球复国做准备。琉球国陈情通事林世功还在北京壮烈自杀，以死抗议日本侵略，以死请求中国出兵。日本政府面对这种压力，接受了和清政府分治琉球的谈判建议。1880-1884年，日清两国分别举行了两次谈判，因为清朝对俄国签订《圣彼得堡条约》后，北方边界问题已经缓和，而且所谓的琉球分支方案严重侵犯了琉球国的独立，琉球国流亡在中国的移民哭诉反对，因此遭到李鸿章的断然拒绝，要求日本交出包括从萨摩时期就吞并的阿摩美久神女的故乡等全部地区，恢复琉球国的独立。日本当然不同意，双方不欢而散。

到了甲午战争之后，清政府连台湾和钓鱼岛的周边列岛都割让了出去，在琉球国的问题上自然也不可能有什么发言权了，所谓弱国无外交，琉球国的命运正是写照，而琉球国臣写给李鸿章的字字血泪的请愿书更是让后人暗涌盈眼：

具禀，琉球国陈情陪臣国戚紫巾官向德宏等，为下情迫切，泣恳恩准据情奏请皇猷，迅赐兴师问罪，还复君国，以修贡典事。窃宏奉主命，来津求援，瞬将十年（按，指1876年12月，向德法?幸地朝常曾奉琉球国王常泰之命，秘密来华，陈奏日本阻止琉球向中国朝贡之事）。国主久羁敌国，臣民火热水深。宏不忠不诚，以致未能仰副主命。乃近住日本之华裔，带来敝国密函，内云“日人又胁迫敝国主再幽日京。且紫巾官金培义等，于客岁九月间由闽回国，才到国后，日人拘禁狱中，至今不放”等情，前来。闻信之下，肝胆崩裂！嗟乎，人谁无君？又谁无家？乃俾敝国惨无天日！惟所以暂延残喘者，仰仗天皇（按，指中国皇帝）之援拯耳！兹幸法事大定（按，指中法战争结束），天朝无事之日，即敝国复苏之时也。若复任日本横行，彼将谓天朝置敝国于度外。数百年国脉，从是而斩，其祸尚忍言哉！伏惟傅相老中堂，入赞机宜，出总军务，天朝柱石，久已上俞下颂，中外仰如神明，必救敝国于水火，登之于衽席。为此沥情再叩相府，呼号泣血，恳求老中堂恩怜惨情，迅赐奏明皇上，严申天讨，将留球日人尽逐出境，庶乎日人狡逞之心从是而戢，敝国主得归宗社，亡而复存。非特敝国君民永戴圣朝无疆之德，且与国共安于光天化日之下，是有国之年仰沐皇上恩施，实出傅相老中堂之赐也。敝国上自国主，下至人民，生生世世，感戴皇恩宪德于无既矣！临禀苦哭，不胜栗悚待命之至！须至禀者。

琉球亡国后，日本迅速在冲绳县推行同化工作，逮捕反日的琉球王室残余，收缴各种武器，将语言、教育、税务、兵役、耕地经济作物方面纳入为日本服务的体系。同时大力推行种族歧视政策，将琉球人、朝鲜人、台湾高山族人当做物品摆放在展览会上称为日本的物产，学校和民间进行了长期的特务告密活动。

日本最重要的同化举动是湮灭了琉球国的本土宗教。宗教圣地“御岳”被毁坏，神女和巫女全部驱逐或消灭，同时将日本神道教搬进冲绳。

在这种情况下，琉球国作为一个小国的本土民族意识迅速消亡，在没有语言、宗教、思想和独立经济的压抑中，没有抵抗地渡过了被吞并的60年。