10月28日：秘密外交谈判终于成功。赫鲁晓夫宣布同意撤回古巴的导弹。美国宣布不再对古巴进行任何入侵行动，并私下同意撤回布署在土耳其和意大利的导弹。危机结束。

为了不使得美国的北大西洋公约组织盟国感到难堪、另外也出于宣传目的，美国从土耳其撤军比苏联晚一些，而且是秘密撤军。这样美国从表面上来看是这场危机的胜利者。

不顾虑这个宣传效果的话，苏联在这场危机中获得了一个战术胜利。通过在古巴布署和撤出导弹苏联达到了美国从苏联的邻国撤出导弹的目的，还获得了美国对古巴的安全保证。

古巴危机凸现了冷战中两个超级大国之间爆发核战争的危险。两国均开始考虑如何避免类似的危机，在华盛顿和莫斯科之间建立了热线，后来在冷战中热线被数次使用。