1960年10月26日和27日美国首次从得克萨斯州的劳夫林空军基地起飞U-2侦察机飞越古巴。1961年9月5日美国侦察机首次拍摄到SA-2地对空导弹以及米格-21战斗机。

1962年5月苏联开始秘密在古巴布署可以装置核弹头的SS-4中程弹道导弹，并布署四万苏联红军士兵来保护古巴，抵御美国的入侵。这样一来苏联还可以补足美国在意大利和土耳其布署中程导弹所造成的战略劣势。

1962年8月5日和29日中央情报局通过U-2侦察机以及间谍报告首次在比那尔德里奥省首次发现了导弹发射装置。

真正的危机从1962年10月中旬开始。10月15日U-2侦察机拍摄的照片明确地显示了导弹的存在。这些导弹是布署在古巴东北部圣克里斯托佛附近的SS-4导弹，它们可以打击华盛顿。17日美国派出六架U-2侦察机拍摄导弹发射场，证明当地布署了至少16颗、最多32颗导弹（SS-4和SS-5）。这些导弹的最大射程为4500千米，它们可以攻击所有美国重要的工业城市。此外苏联还布署了伊留申Il-28轰炸机。

10月18日：苏联外长安德烈·葛罗米柯赴白宫与肯尼迪会晤。这次会晤是一次计划已久的会晤。出于策略性考虑肯尼迪在会晤中没有提到古巴问题。但美国将军认为封港太软弱，他们认为必须立刻进行空袭，然后入侵。

10月22日：肯尼迪发表电视演讲，宣布从10月24日开始对古巴进行封锁。此外他要求赫鲁晓夫将苏联导弹撤出古巴，并威胁假如美国被攻击的话将进行强大反击。美国军队进入三级警备状态，更多的美军被移驻到佛罗里达州，约200艘舰船围绕古巴。