凯利在新闻发布会上称，日本政府的选择将最终影响日美两国间关系的未来走向。凯利表示，美国政府对两国于2006年达成的协议的立场没有改变，并认为基于此协议才最有利于发展美日间安全关系。　

根据美日两国2006年就驻日美军整编达成的最终协议，2014年前把美国驻日海军陆战队大约8000人转驻关岛，普天间基地搬迁至冲绳县名护市。　

日本一些官员曾宣称，美日达成这一协议的过程并不透明。凯利对此进行了否认，称与日本达成的这一协议是为了应对共同的安全挑战，是在完全透明的程序下达成的。　

日本民主党政府上台后称将重新审视该协议。一些日本官员建议普天间基地美军彻底搬出冲绳。美方对这一做法予以强烈反对。美国国防部长罗伯特·盖茨上个月要求日方尽快履行之前达成的协议。而日本媒体于11月3日公布的一项民意调查结果显示，大部分冲绳居民要求普天间基地彻底迁出冲绳，甚至搬出日本。