事发地点丰后水道（红点处）是日本海上要冲，并临近重要军港

海上自卫队司令部8时28分向防卫大臣林芳正报告。林芳正于8时36分向福田首相（福田于9月1日宣布辞职，现任看守内阁首相）紧急通报。福田立即指示“进行跟踪和情报搜集”，因为根据联合国海洋法公约的相关规定，一个国家的水下航行器在其他国家水域航行时，必须事先通报、浮出水面航行并悬挂国旗。

但没想到仅3分钟后，“爱宕”号就跟丢了目标。舰上的一名指挥官透露:“丰后水道南方的九州东部外海是浩翰的太平洋，我们断定潜艇已经进入该水域，非我舰单独能搜寻锁定，于是向上级求援。”海上自卫队立即派出另外3艘战舰、3架反潜直升机和两架P－3C反潜巡逻机前往增援。林芳正在东京举行的新闻发布会上发誓:“我们会彻查潜艇的国籍，对其入侵日本水域感到非常遗憾，一旦查明潜艇国籍，会通过外交渠道提出严正抗议！”

日本海上自卫队司令部反潜军官承认，这起事件令日本“尴尬”，因为除了日美潜艇外，从来没有发现过外国潜艇能在丰后水道活动，更没想到外国潜艇居然还伸出潜望镜实施侦察。如此大胆的行动是侦察还是训练，不得而知。

美国《防务新闻》16日报道，日本海上自卫队大规模的反潜行动直到16日下午3时才告结束，但两天的辛劳却无功而返。防卫大臣林芳正坦承:“我们对相关海域搜寻了两天时间，没能获得任何新情报。”

日媒无端猜疑中国断然否认

神秘潜艇“入侵”日本水域事件曝光后，日本媒体和军事专家纷纷猜测该潜艇的国籍。“中国潜艇”赫然成为这些媒体和专家锁定的对象。