一直坚持学习英语、坚持自视独立的光绪的此番变法，更像是他跟慈禧在为某一件事赌气。很明显，年轻的光绪皇帝缺乏政治经验，变法内容之多，涉及之广，是前所未有的；这么多新政同时出台，不仅社会始料不及，似乎连他自己，也被如此之多的新政引起的动荡，感到不堪重负。各个环节对于新政的反应很快传到慈禧太后的耳中，慈禧大约突然意识到如此新政过于草率，也过于匆忙了，对于变法表示出极为不放心。就在光绪皇帝颁布明定国是诏之后的第三天，慈禧太后下旨:一是免去翁同龢的军机大臣、内阁大臣职务，让其“开缺回籍”，翁氏被黜，让光绪失去了一个首席谋臣、一个中间桥梁和一个翼护维###人的家长；二是命荣禄代理直隶总督；三是将二品以上大臣的任命权回收。

维新政策推不动，光绪自感压力很大，整日在宫中大发雷霆，手下大臣和太监惶惶不可终日。朝廷老臣们不敢怪罪于光绪皇帝，便迁怒于那些变法的维###人。变法后不久，曾有一个外国人这样描述光绪:“大清国皇帝陛下的容貌看上去要比他的实际年龄衰老得多。他额部凹陷，脸色发黄。他的嘴角流露出的是悲伤的、疲惫的和带有孩子气的笑容。当他咧开双唇时，嘴里露出的是参差不齐的长长的黄牙齿，两侧脸颊上都出现了深深的凹坑。他的表情并非缺乏同情心，不过更多表现出的是麻木不仁。从他的容貌上看，我们看不到一点生趣。事实上，光绪皇帝给我的印象是:克制、冷漠、无趣、缺乏精力、疲惫不堪，整个人就像是半死不活的样子……好像生活对他来说已成为一种负担，这样的人必定在走下坡路。”

接下来的形势很快就验证了袁世凯的担心，由于变法令过于繁杂，难以付诸实施；同时，地方督抚对于政令既缺乏了解，也缺乏支持。所以，各省督抚除湖南巡抚陈宝箴外，都对变法诏令持观望态度，或者干脆置之不理。诏书下发一个月后，颇有名望的两江总督刘坤一说了一段耐人寻味的话，颇能代表地方大员们的心理:时事之变幻，议论之新奇，恍兮惚兮，是耶非耶，年老懵乱，不知其然，无暇究其所以然……地方大员都对变法困惑，更何况平民百姓了。于是，变法很快就陷入困顿。新政慢慢不了了之，有的甚至还扭曲变形。

时间到了9月的时候，北京的政局变得更加微妙了。光绪已方寸大乱，他的行为看起来有点匪夷所思，从一系列前后矛盾的行为来看，似乎不知道这个年轻的皇帝到底要做些什么--他变得一意孤行听不得别人的意见，经常暴跳如雷，甚至一个人悄悄地哭泣……在变法最至关重要的时期，光绪突然下旨，让康有为离开京城；紧接着，在小站的袁世凯也接到荣禄的通知，说光绪皇帝命他来京，一同接待来京的日本下野首相伊藤博文。听到这个消息，袁世凯费神思考了很久，袁世凯不知道光绪让他一道见伊藤博文的真正意图。外界都在传闻光绪拟聘伊藤博文为清国维新顾问；同时拟邀担任顾问的，还有美国人李提摩太。这样的说法让袁世凯感到震惊，毕竟，伊藤曾是清国的仇人。如果这样安排，不知道慈禧会有什么感受，想必，自尊心极强的老佛爷是不会同意的。

9月14日，袁世凯与伊藤博文同时抵达北京。9月16日，光绪皇帝于颐和园毓兰堂，召见了袁世凯。光绪先是询问了袁世凯一些军事情况，接着话锋一转，问道:“苟付汝以统领军队之任，能矢忠于朕否？”袁世凯的答复是肯定的，但心里不由忐忑，毕竟，这样的询问太不正常。当天，上谕下，袁世凯以外官三品臬司，超升京卿二品候补侍郎，专办练兵事务，并随时具奏应办事宜。这样，袁世凯便从一个中级地方官，升为一个正二品的中央大吏。9月17日，光绪皇帝又一次召见袁世凯，光绪帝对袁世凯说:“人人都说你练的兵、办的学堂甚好，此后可与荣禄各办各事。”这个时候，无论是谁都能看出光绪的用意了，他这是在争取力量，拉拢袁世凯，让他直接听命于自己。

在光绪接见袁世凯的同时，形势突变--这当中极可能是慈禧觉察到什么，毕竟，袁世凯的手中，有一支极有战斗力的新军--9月18日一早，荣禄即下令:一是调直隶提督聂士成的武毅军一万七千人进驻天津陈家沟，切断袁世凯新军入京之路，以防袁世凯有变；二是调集甘督提督董福祥部一万二千人，进驻宛平、长辛店一带，其中一部直入北京，以加强慈禧住地颐和园的拱卫；三是致电总理衙门及袁世凯，谎称军情，说英俄开战，英舰多艘游弋大沽口，要袁世凯立即返回天津听候调遣；四是授意御史杨崇伊等到庆王奕匡府，呈递奏请太后训政折，以便到时给朝臣们一个说法。部署完成之后，不仅北京卫戌军总数超过了四万八千人，而且，从山海关至北京沿途驻军也达到十三万人，总兵力是袁世凯的新军的二十倍。

与此同时，维新党人也清楚感受到危机的来临，在这种情况下，只能选择孤注一掷--18日深夜，谭嗣同夜访袁世凯的住处法华寺，拿出光绪皇帝“密谕”的草稿，要求袁世凯举兵，先杀直隶总督荣禄，然后带兵围攻颐和园，清除后党。显然，维新党人已把袁世凯当作最后的救命稻草了。维新党人如此冒失行事，也是错认了袁世凯，袁世凯主张变法，但他一直是个缓进的改革派，并不主张激进。谭嗣同以这样的方式来见袁世凯，显然是铤而走险了。这当中的原因极可能是维新党人听到慈禧恢复“垂帘听政”的消息后，与光绪之间有过密议并取得了一致意见，认为唯一可以挽救时局、扭转乾坤的办法，就是说动袁世凯兴兵勤王。这个计划，维新党人之一的毕永年后来在《诡谋直纪》中，曾有过涉及。在维新党人看来，袁世凯如能效忠皇上，则时局或许能够改变。也许正是出于这样的想法，维新党人决定让谭嗣同去力劝袁世凯。谭嗣同见袁世凯的情景，一直流传着两种版本，一是维新派首领康有为和梁启超的追记，另一个，就是袁世凯在被贬的那一年所撰写的《戊戌纪略》。康有为对于这一天的记载，是这样的:

初三日早，暾谷(即林旭)持密诏来，跪诵痛哭激昂，草密折谢恩并誓死救皇上，令暾谷持还缴命，并奏报于初四起程出京……筹划求上之策，袁幕府徐菊人(徐世昌)亦来，吾乃相与痛哭以感动之，徐菊人亦哭，于是大众痛哭不成声，乃嘱谭复生(谭嗣同)入袁世凯所寓，说袁勤王，率死士数百扶上登午门而杀荣禄，除旧党。袁曰:“杀荣禄乃一狗耳！然吾营官皆旧人，枪弹火药皆在荣禄处，且小站去京二百余里，隔于铁路，虑不达事泄。若天津阅兵时，上驰入吾营，则可以上命诛贼臣也。”