一八九七年十一月一日，山东曹州府巨野县，有两位德国传教士被害。德国立即把握这一机会，下令舰队开往胶州湾。十一月十四日，德军迫使清军退出胶州湾，并於次日占领胶州湾。清廷有感於实力不足，决定不与德国发生军事冲突，而主张以谈判方式解决纷争。最后，中德两国於一八九八年三月六日，签署了「中德胶澳租界条约」。

德国以此条约，划山东为其势力范围，并取得山东境内的筑路与开矿权，具有双重意义:一，中国在此条约中丧失了在山东的许多权利，也成为日后列强侵夺中国主权的典型条约；二，它是此一时期，列强中以武力逼迫中国同意，进而占领中国沿海地区的首例。其后，列强纷纷起而效尤，强占各地港湾，强划势力范围，强索各项特权。

德国取得筑路与开矿权后，立即大事修筑铁路，开采煤矿。一八九九年六月，德国在胶济铁路线上的高密县与县民发生冲突，县民损毁德商的住宅。德国认为是地方官吏在背后教唆，山东铁路公司乃要求德军出兵高密平乱。其后，县民在德军与清政府的压力下，乱事暂告平息，不过也埋下德国在山东经营的困境。

事实上，袁世凯於一八九九年十二月接掌山东巡抚之前，既已感受到山东问题的复杂性，也非常关心山东局势的发展。七月初，他以总统武卫右军工部右侍郎身份向清政府分析了山东局势。他认为德国是以二种手段以窥伺山东:一，假传教之名，分布教士，散处各邑，实乃勘察山东形势；二，制造纷争，再藉口兴兵。因鲁省民性刚强，仇视非类，稍有龃龉，德人即由胶澳藉口遣兵，侵权自治。德国占领日照，出兵高密，皆属实例。但不同於清廷中央和前任山东巡抚主张以武力对付德国，袁世凯强调「先自经理，不资以可藉之口，不予以可乘之隙，当可渐就相安，藉保我自有之权。」为此，袁世凯提出了四个方法对付德国在山东的发展:一，慎选守令；二，讲求约章；三，分驻巡兵；四，遴员驻胶。归纳袁世凯的奏摺主要强调应使用行政技巧和国际条约，来约束德国在山东的行为，并维护中国的主权。

当袁世凯接掌鲁省后，高密动乱再起，这给予他一次在山东实现其外交策略的绝佳机会，藉由此次高密事件，他可以和德国进行和平的交涉，以捍卫中国在山东的主权。此时，袁世凯决定根据「中德胶澳租界条约」的规定，和德国协商签署「中德胶澳交涉章程暨德华矿务章程」。袁氏认为此一章程对中国有四大利点:一曰收回地权；二曰挽回利权；三曰示以限制(德人)；四曰期於便民。

从一九○○年初起，袁世凯一再向德国表示，解决高密唯一的方法并确保未来的和平，只有透过谈判。为此，他向德国山东铁路公司总办锡乐巴(Heinrich Hildebrandt)表示，希望双方尽快在济南进行谈判。袁世凯之所以主动向德人示好，并邀请德人谈判，主要是想及早结束高密的动乱，因为他认为此一动乱完全无助於中国，并且可能再度引发德军入侵山东内地。所以当山东铁路公司请求袁世凯派兵援助时，袁氏即刻派遣一千名士兵前往高密保护铁路。但德国在青岛的总督叶世克(Paul Jaeschke)要求袁世凯同意德军进入中立区时，袁氏即以中德之间并没有正式确定所谓的中立区而加以拒绝。

袁世凯利用高密以逼迫德国进行谈判果然奏效。德方由锡乐巴与布德乐(Buttlar)舰长，分别代表山东铁路公司与德国政府，於二月二十七日前往济南，和袁世凯与廕昌为首的中国代表进行谈判。最后，双方在三月二十一日签订「中德胶澳交涉章程暨德华矿务章程」，包括胶澳章程十一款，矿务章程二十款，以及铁路章程二十八款。这一章程的内容主要包含:一，确保中国在胶澳地区的治权；二，确定中国的主权；三，双方同意中国派遣一位交涉官，德国指定一官员在青岛，共同会商办理各项事宜；四，事先询问中国官绅的意见。五，顾及人民的权益。

总之，中德双方对於此一章程大致是满意的。在德国方面，他们认为透过此一章程，在没有放弃太多权利的情况下，只是允许中国适度取得铁路沿线的控制权，就确保了胶济铁路沿线的安全。在中国方面，袁世凯感到非常的满意，因为租借地外的铁路与矿区，皆在中国的司法管辖权之下，这意味中国主权的确立。持平而论，若比较「中德胶澳租界条约」与「中德胶澳交涉章程暨德华矿务章程」，后者确实是保障了中国不少的权益与尊严。

在袁世凯与德国解决山东铁路与矿务问题之际，他也必须面对义和团在华北，山东地区的蔓延，更於此时达到高峰的局势。从袁世凯上任山东巡抚后，即以几种方式大力压制义和团在山东的活动:一，采取分化策略，勒令教民出教反教，釜底抽薪，以减少义和团的滋扰对象；二，武力剿办，击溃义和团的组织；三，强化对地方的控制；四，道德劝说。总之，在一九○○年庚子事变之前，袁世凯是有效的镇压了义和团在山东的发展。

由於受到慈禧和部份官员的支持，义和团在一九○○年五月抵到高峰。六月十日，英国海军提督西摩(E。 H。 Seymour)应列强公使要求，率领二千士兵赴援北京。同年六月二十一日，清政府正式对列强宣战。七月十四日，联军攻克天津，八月十四日，联军进入北京，慈禧仓皇出城，拳乱告一段落。

此时袁世凯主政的山东，面对此一动乱，约可以六月为界而区分二个阶段。基本上，在六月之前，由於袁世凯极力维持鲁省秩序，积极围剿义和团，并拒绝派兵援助华北各省义匪，所以山东在这个阶段是相当平静。不过从六月底之后，山东却受到一连串的困扰，例如在潍县的美国长老教会与德国的矿区受到攻击，在胶州与高密地区又出现铁路暴动，尤有甚者锡乐巴还遭到地方武装势力的攻击。在此情况下，为了保护德人，袁世凯以两项理由要求叶世克下令德国侨民撤退至胶州租借区:一，保护德侨生命为先，财产为次；二，他的武力不足以同时保卫德侨在山东内地的生命与财产。袁世凯并保证一旦德侨撤退后，他会尽全力维护德人在内地的财产。就在袁世凯善意的劝告下，叶世克不但同意将铁路与矿务公司的人员撤退到青岛，并训令德军暂留胶州。

但山东铁路及矿务公司为主的德商却与叶世克持不同的意见。山东铁路公司总办锡乐巴以两点理由，对袁世凯在拳乱过程中，提出强烈的质疑:一，在拳乱中，直接受到拳匪伤害的以铁路和矿务为主，而其所属的工作人员更是饱受生命威胁；二，受到拳乱的影响使得胶济铁路的工程一再延宕，导致公司受到庞大的损失。基於上述理由，锡乐巴曾经谴责袁世凯的军队，不但没有实现承诺保卫德商，尤有甚者，军队还加入匪徒共同攻击德商与传教士。例如当距离高密四里路外的铁路公司被攻击时，城内竟有五百名训练精良的士兵袖手旁观，而且早在数天前铁路公司即已向高密县求援。为此，他要求叶世克派遣德军至铁路沿线保护德商。

对於锡乐巴的要求，叶世克原本的态度还是主张由袁世凯的部队维持治安，并不同意锡乐巴的出兵建议。不过从六月底之后，叶世克的态度突然转趋强硬。归纳叶世克态度转变原因有三:一，六月二十日，德国公使克林德(Ketteler)遇害；二，从六月底之后，山东局势转趋紧张，引发叶世克对於袁世凯可能发动军队攻击德军与德侨的疑虑；三，叶世克希望在山东有所建树，如保护路权，占领高密，胶州，并尽速惩罚乱民，以此成果携往天津会见德军总司令瓦德西(Waldersee)。

故他於天津会见德军司令瓦德西之后，乃在十月七日向袁世凯表示，高密铁路要立即由德军接管保护，并且要求袁军必须在十月十二日前，从租借地撤退。袁世凯接受叶世克的要求，十月十日撤出高密。十月中旬，德军进入高密。十月底，十一月初，德军开始镇压县民，约计有二百至四百名华人遇害。乱事结束后，德军仍驻扎在胶州，高密地区，并控制附近百里界址，保护铁路沿线。