因而军阀们倾向于尊孔和对孔教会表示同情就是十分自然的事。我们这么说并非是说儒家和专制政权之间存在着某种必然的接口，而在于在秩序变换的时期，传统的价值观往往可以成为稳定社会秩序的重要资源，特别是军队的成员来自于农村社会，其对新观念相对滞后，所以传统的价值观念更有发挥其作用的空间。

军阀们的尊孔措施在很大程度上是传统社会制度化儒家的翻版，如重新厘定祭孔的仪式，对孔门后裔进行册封。1913年6月22日袁世凯发布“尊孔崇圣令”。“……近自国体改革，缔造共和，或谓孔子言制大一统，而辨等威，疑其说与今之平等自由不合。浅妄者流，至悍然倡为废祀之说，此不独无以识孔学之精微，即于平等自由之真相亦未有当也。……天生孔子为万世师表，既结皇煌帝谛之终，亦开选贤与能之始，所谓反之人心既安，放之四海而准者。……值此诐邪充塞，礼法荡然，以不服从为平等，以无忌惮为自由，民德如斯，国何以立。……根据古义，将祀孔典礼，折衷至当，详细规定，以表尊崇，而垂久远。”[74]虽然罗永绍等议员以“违反约法信仰自由”对这项命提出质疑，但是1914年2月7日袁世凯和民国政府依然发布“规复祭孔令”，规定“因袭历代之旧典，议以夏时春秋两丁为祭孔之日，仍从大祭，其礼节服制祭品，当与祭天一律。京师文庙应由大总统主祭，各地方文庙应由长官主祭。……其他开学首日，孔子生日，仍听各从习惯，自由致祭。”[75]同年2月20日又发布了《崇圣典例令》，其中第一条规定:“衍圣公暨配祀贤哲后裔膺受前代荣典祀典，均仍其旧。其公爵按旧制有宗子世袭，报经地方行政长官由内务部核请承袭。”第四条规定“圣贤后裔，旧有五经博士等世职，兹均改为奉祀官，世袭主祀。”并每年可从国家获得固定的祭祀费用和设立专门的“圣庙执事官”。[76]

这种原则很快也体现在具体的行政措施中，蔡元培比较激烈的将孔子及儒学从一般的教育体系排斥出去的教育纲领在不长的时间内被终止。由此而来，各地尊孔读经之风复燃，并被认为是解决日趋活跃的学生运动的手段。在许多呼吁恢复读经的请示之中汤化龙的《上大总统言教育书》（1914年）最具代表性。他说:“化龙洞观世变，默察民情，知非明定教育指针，昌明道德，不足以正人心而固国本。深维孔子之道，最切于伦常日用，为举国所敬仰，其言行多散见于群经。历代本其训诂、词章、性理、制艺之说以诠孔学，名为尊孔，而实则乖。兹拟宣明宗旨于中、小学校修身或就国文课程中采取经训，一以孔子之言为旨归；其有不足者，兼采与孔子同源之说为辅。一面厘定教育要目，自初等小学以迄中学，其间教材之分配，条目之编列，均按儿童程度，循序引伸。揆之教育原理，既获以善诱之法，树厥初基，按之全国人心，亦克衷至圣之言，范其趋步，崇经学孔，两利俱存。庶几救经学设科之偏，复不蹈以孔为教之隘。”[77]虽然表示要避免孔教的狭隘性，但在同年六月，教育部便发布指令，要求京内外各学校中小学修身及国文教科书采取经训务以孔子之言为指归文。1914年12月，教育部提出要对民国初年的教育体制进行改革，核心也就是恢复读经。“中小学校修身国文教科书，采取经训，以保存固有之道德；大学添设经学院，以发挥先哲之学说。”[78]而1915年，袁世凯政府又出台了《特定教育纲要》，提出了“爱国、尚武、崇实、法孔孟、重自治、戒贪争、戒躁进”的办学宗旨，这样学校尊孔读经又得到了制度上的保证。

不过，这一措施也很快随着袁世凯的死去而被取消，1916年，当时的教育总长范源濂表示，要确实执行民国元年的教育方针，同时撤消了袁氏政府颁布的《教育纲要》和《特定教育纲要》，再度废除小学读经。

显见之，袁世凯之尊孔是无可置疑的，但是孔教会是否支持袁氏之帝制设想是一个值得考察的问题。黄克武先生指出:孔教会的主要代表人物康有为、陈焕章和严复都不支持帝制，康有为写过专门的劝袁世凯退位的文章，而严复之参加“筹安会”则是被迫的，所以说“一，就帝制与尊孔的关系而言，袁氏帝制运动并没有企图诉诸民众的情绪，他们的理论基础虽然是政事取决于民意，但他们深信民意可以轻而易举地制造出来，因此他们似乎不是有意地以尊孔为‘思想的前哨战’，袁氏尊孔的动机主要是为了一传统道德维系社会秩序。二，袁氏提倡尊孔应无疑问，但他并不完全支持孔教运动，孔教会的成员也不支持他的帝制运动，因此‘袁氏利用孔教会以推行帝制’的说法实属谬误。[79]”但孔教会和帝制之间恐怕不是很容易脱离干系，首先，认为袁氏尊孔是因为存心想当皇帝是一种普遍性的看法，[80]其次其他的孔教团体的确有“劝进”的举动。[81]

将孔教会和帝制复辟彻底挂了钩并成为新文化运动的直接攻击对象是张勋和孔教会之间的复杂关系。

就在1913年陈焕章等人提出将孔教立为国教的请愿书之后，张勋就马上发表通电支持。并就任孔教会曲阜总会事务所名誉所长。在1916年重开国会，陈焕章再度提出相同要求的请愿书之后，张勋联合曹锟、张作霖等人发表“争孔教为国教电”，口气就十分强硬，认为应废除三分之二人赞成通过的原则而改以各国的通例直接定孔教为国教。“今欲定宪法，自不能不立国教，刻已列诸议案，后经人民多数之请求，而竟遭摈斥，不获通过，非特拂逆民情，或恐激生他变。窃谓宪法为国家之根本，国教又为宪法之根本，问题何等重要，非另组特别制宪机关，直接取决于多数之民意，不足以称完善。断不能用国会中寻常议事法则，以院内少数议员，三分之二之多数为多数，所能轻言规定者也。即按法理而言，并以各国成例证之。”该通电值得注意的是直接怀疑《临时约法》所赋予国会制定宪法的权力的合法性，并认为如果由于没有定孔教为国教所造成“危及国家”的社会问题将“治以重罪”。通电说:“国会由宪法产生，本无制宪之权。我国今日之国会，早逾法定期限，已失人民信仰。徒以《约法》所规定，为制宪机关，使能体察民情，为我国制定良好宪法，人民犹将谅之。乃少数议员等，既不亟图补救，甚复妄有主张，竟欲将多数人民信仰之孔教，使绝迹于宪法，是诚何心？即使将来宪法告成，亦不为人民所公认。倘因之更发生种种问题，危及国家，为祸愈烈，安见宗教之战，不于我国见之！彼时虽欲重治反对者流以误国之罪，亦以晚矣。”[82]

1917年6月8日，张勋带着辫子军进京，在胁迫黎元洪[83]解散了国会，在康有为参与下，7月1日，张勋正式拥戴溥仪复辟。不过当时的衍圣公孔令贻发出了贺电说:“日月重光，毅然殊猷，普天同庆。”[84]孔教会的核心成员均在新“朝廷”获得了职位，如康有为任弼德院副院长，沈曾植任学部尚书，劳乃宣任法部尚书。

张勋复辟所坚持的时间只有12天。却将尊孔和独裁政治的联系进一步的建立起来，并在陈独秀等人的宣传下，成为一种论说模式，从而使儒家日益成为科学、进步和民主政治的对立面。陈志让说:“从袁世凯就任总统到张作霖任大元帅（1912-1927），这十几年中军阀因袭了清末保守派的文化传统。他们表现的第一个特点就是几乎全部尊孔。1913年袁世凯下令尊孔；1927年张作霖下令制定礼制，次年祀孔。在这两个年代之间，许多军阀公开扬言要以孔教为国教，在他们统治下各省下令读儒家的经典，特别办学校来发扬儒家传统。在他们的幕府、政府之中雇佣了许多过传统教育的官僚学者，帮他们对国家大政发表意见，发表通电。通电中振振有辞的都是以儒家道德标准为根据的理论。例如1917年张勋拥溥仪复辟，理由是维护儒家的纲纪；段祺瑞打败了张勋挽救了民国，理由也是儒家的纲纪。”[85]