章太炎并非简单地否定宗教，他认为宗教已经成为一种社会习俗，所以可以借助宗教的力量，但不是让人去崇拜神力。1906年章太炎作《建立宗教论》一文，他说:“宗教之高下优劣，不容先论。要以上不失真，下有益于生民之道德为其准的。”[66]而是要据此建立一种道德，“尝试论之，世间道德，率自宗教引生。彼宗教之卑者，其初虽有僧侣祭司，久则延续平民，而僧侣祭司亦自废绝。则道德普及之世，即宗教消熔之世也。”[67]章太炎也并非完全否认儒家之为一种宗教，“中国儒术，经董仲舒而成教。至今阳尊阴卑等说，犹为中国通行之俗。”[68]而在当时这个特殊的时期，孔教和道教的观念都不足以发明国民之信心，而只有借助佛教，而佛教中，人们所熟悉的六道轮回、地狱变相等教义也不行，“非说无生，则不能去畏死心；非破我所，则不能去拜金心；非谈平等，则不能去奴隶心；非示众生皆佛，则不能去退屈心；非举三轮清静，则不能去德色心。”[69]他认为这几条，就是一般的佛教徒也做不到。

但总体来说，章氏还是秉承进化主义的观点，将宗教看作是古代人愚昧无知的信仰，他在〈驳建立孔教议〉中开篇就说:“近世有倡孔教会者，余窃谓其怪妄。宗教至鄙，有太古愚民行之，而后终已不废者，徒以拂俗难行，非故葆爱严重也。”[70]他说中国本无宗教，孔子也是主张道德教化而不是宗教，不能“见耶苏、路德之法，渐入域中，乃欲建树孔教以相抗衡。”孔子只是

一个教育家，将他拜为教主，就好像木匠拜鲁班为师，只是行业崇拜而已。他说孔子不语怪力乱神，“故以德化，则非孔子所专；以宗教，则为孔子之所弃。今忘其所以当尊，而以不当尊者奉之，适足以玷阙里之堂，污泰山之迹耳。”[71]

不过无论是将儒家看成宗教还是一种世俗化的思想体系，在近代中国都不单纯是一个学术问题，而是在救国的主题下的不同的思考路径，这是理解康章之间的争论的关键。“其实，有关‘儒家是否为一宗教’的论争，不过是代表儒家圣化或世俗化的两种倾向；一种要将孔孟神格化，将儒家建构为一个宗教系统，以便于更有效地维系社会与政治；另一种取向则要将孔孟视为一理性的、道德的社会改革者。而这两种取向共同的终极关怀，既非儒家，亦非宗教，而是国家。”[72]

章太炎是清末明初最有影响的思想家之一，所以他的观点会影响到许多人，特别是年轻一代的知识者。比方说，北京大学可以说是民国初年中国学术思想的风向标，“当时的北大，……在学术路线上，我想是受着太炎学派的影响，好好精读《章氏丛书》，尤其是《检论》一类的文章后，就使部受西洋学术的影响，必能跳出‘经生’的圈子。”[73]后来新文化运动的许多代表人物，都直接受到过章太炎的影响，鲁迅、钱玄同等是其中的代表。黎锦熙在钱玄同先生的传记中说:“今文大师（康有为）先生，要把孔教当作宗教，要把孔子当作教主来崇拜，说一切真的经书都是孔子创作的；古文大师章太炎先生直把孔子当作‘史学家’看待，顶多再带了些‘教育家’的臭味，孔子的最大成绩是在整理了许多故书旧史（经）……钱先生在这一点上，受他老师的影响最深，所以到了民七，就一拳打翻‘孔家店’（这不是说孔子要不得，乃是说二千年来籍着孔子的招牌来开店作买卖的就非打翻不可）。”[74]

后来成为疑古运动代表人物的顾颉刚也受到章太炎立场的影响。民国二年（1913年）章太炎在北京化石桥的共和党本部开国学会讲学，当时正值袁世凯尊孔，所以章便在墙上贴了这样一则告示:“余主讲国学会，踵门来学之士亦云不少。本会本以开通智识，昌大国性为宗，与宗教绝对不能相混。其已入孔教会而复愿入本会者，须先脱离孔教会，庶免熏莸杂糅之病。 章炳麟白。”

据当时参加这个讲学的顾颉刚回忆:“他演讲了:先说宗教和学问的地位的冲突，又说现在提倡孔教的人是别有用心的。又举了王闿运、廖平、康有为等今文家发的种种怪诞不经之说。他们如何解‘耶稣’为父亲复生，如何解‘墨者巨子’即十字架，如何解‘君子之道斯为美’为俄罗斯一变至美利坚；他们的思想如何起源于董仲舒，如何想通经致用，又如何妄造了孔子的奇迹，硬捧他做教主。”显然章的讲演的效果还是很好的，因为顾颉刚“听了这些话真气极了，想不到今文家竟是这样的妄人！”所以“愿意随从太炎先生之风”[75]

如果说新文化运动最终导致了是孔教运动的失败，那么章太炎可以算作是是重要的奠基者。