清廷曾采纳了一些意见，采取过部分防谍措施，破获了几起间谍案。但从最后结果来看，日本的谍报活动还是取得了成功，而这与清政府吏治腐败、不能严守军事机密、不重视防范间谍有很大关系。

在两国关系已十分紧张、战争一触即发的情况下，清政府还为日军参谋次长川上操六为发动战争作最后准备的实地考察提供大量方便，予以殷勤接待。李鸿章更是视他为座上宾，奉若神明，还请他参观了军工厂、军事设施和军队的操练。更为严重的是，两国交战之时，仍有清政府官员为谋求个人私利置民族利益于不顾，为日本间谍提供情报或其他帮助。李鸿章的外甥、天津军械局总办张士珩为牟取暴利居然盗卖弹药给日本军队。李鸿章的儿子李经方通过上海候补道张鸿禄向日本军队出售大米等粮食。李鸿章本人在处理日本间谍的问题上，也表现出十分明显的袒护之意。对清军抓获的间谍，李鸿章不仅不杀，还以杀了要赔钱为由，送给他们路费，释放他们回国。

在这种情形下，洞悉清朝军队军情的日军最终取得了甲午战争的胜利，北洋海军却全军覆灭。甲午战争后，日本一跃成为亚洲强国，而中国则更深地陷入了半殖民地的深渊。