第三阶段，从10月27日到12月28日，是帝后党争走向激化的阶段。

日本第一军突破清军鸭绿江防线后，清廷大为震惊。10月27日天未明，忽有奏事官传慈禧召见枢臣。是日，慈禧“焦劳，色甚不怿，论军事语颇多”。(61)然君臣皆计无所出。面对如此危急局面，帝后两党都在急谋对策。

此时，帝党仍然坚持反对议和，先有编修戴鸿慈等6人连衔及冯煦单衔上奏，指斥和议，后又有文廷式奏参枢臣和疆臣，其奏曰:“寇侵大邦，事机危返，……即当盈廷一心，力筹攻战，而枢府与疆臣各怀异志，但欲求和，不知倭人所攻必取，所谋必得，何恤于我而肯从和议哉？徒为所欺，以延误岁月而已！……应请旨将枢臣及北洋大臣交部严加议处，以存国法。”(62)与此同时，帝党还准备采纳德籍洋员汉纳根(Constantin von Hanne ken)的两项建议:一是加强海军，“速购智力快船七只，并人械同来”；一是改革军制，“另募新兵十万人，以洋法操练”。(63)但是，由于后党掌控着局面，中止乞和方针既不可能，汉纳根的强军方案也被搁置下来。

在此关键时刻，后党则连下两步重要的棋:第一步，是以慈禧的亲信荣禄补授步军统领。步军统领的全称是提督九门步军巡捕五营统领，下属八旗步兵营三万余人，主要负责京师的卫戌、警备、治安工作；由绿营组成的巡捕五营万余人，分汛防守外城及京郊地区。(64)其目的是将整个北京地区的安全保卫的指挥权牢牢掌握在后党手里。第二步，是成立督办军务处，以奕訢为督办，奕匡力帮办，翁同龢、李鸿藻、荣禄、长麟会同商办。这个督办军务处权利极大，“所有各路统兵大员，均归节制，如有不遵号令者，即军法从事。(65)这实际上是把最高军事指挥权完全收归到后党手中。值得注意的是，荣禄既为步军统领，又会办军务，成为后党新的中坚。他与翁同龢“共事，几于无日不因公事争执”(66)，成为抑制帝党的主要后党人物。

当时，帝党是坚决反对议和的。有一次，慈禧召见军机大臣，问诸臣计将安出。孙毓汶首陈请各国调处。翁同龢加以反对曰:“此事不可成，亦不欲与，盖将来无以为国也。”又一次，奕訢奏陈派朝廷大臣直接与日本议和，先派员赴津与李鸿章商谈如何开议，以救燃眉之急。慈禧遍询枢臣意见，翁亦不表赞同，云:“释疑忌则可，其他未敢知，且偏重尤不可。”(67)光绪对议和的危害性看得十分清楚，翁同龢赞其“剖决精明，事理切当”(68)，为之庆幸不已。但光绪终究无法改变慈禧的决定，他处事也不够成熟老练，竟忍不住对奏言各国欲为中日调停的奕匡力大发脾气。(69)时美国驻华公使田贝(Charles Denby)称奉其国电为中日调处，递一文书给总理衙门，大意谓:“讲解日本事，以朝鲜为自主，并赔偿兵费，议定再定数目，先令停战，若议不成，仍开战。”呈此稿时，光绪曰:“冬三月倭人畏寒，正我兵可进之时，而云停战，得毋以计误我耶？”(70)这时，他心情烦躁，忘了自己的处境，贸然降谕整顿军机处，以额勒和布“才欠开展”，张之万“年逾八旬”为由，将两人逐出军机。(71)这是一步后果严重的错棋！因为这既不能从根本上改变军机处的格局，也无法制止乞和的活动。特别是额、张都为慈禧所信任，两个人的特点都是惟上命是从，办事“谨慎小心，允(克)称厥职”(72)，张还在慈禧六旬万寿时奉旨总办庆典，光绪将两人罢黜惹得慈禧十分恼怒，使她完全失去了耐性，从而导致了帝后矛盾的进一步激化。