军机处的设立，是清朝中枢机构的重大变革，标志着清朝君主集权发展到了顶点。此前，清一直沿袭满洲贵族议事的旧制，努尔哈赤时期形成的八和硕贝勒共议国政制度，后转化成议政王大臣会议，以处理军、政、宗室等重要事务。但议政王大臣会议对皇权多有掣肘，康熙帝亲政后，铲除鳌拜集团，不断削弱议政王大臣会议的权限，民政事务由内阁大学士或六部会议具奏，议政王大臣只议国家典章制度及军事要务。设南书房后，始由汉人翰林参预撰拟诏旨。

雍正继位后，进一步削弱八旗王公权势，议政王大臣会议的作用日渐衰微。雍正三年（1725年），撤消了总理事务王大臣制。雍正七年（1729年），清军两路出师西北，因内阁距离皇帝的内廷较远，传递军报及承旨发送多有不便，雍正帝谕令在内廷设军需房，专门办理军机要务。王昶的《军机处题名记》说:“雍正七年，青海军兴，始设军机房。”可见，军机处开始是称为“军需房”或“军机房”，由怡亲王允祥、大学士张廷玉、蒋廷锡等参与军机要务。随后改称军机处。1732年，铸造“办理军机印信”，军机处成为常设机构。

1735年，弘历即位，是为乾隆帝，十月，废军机处，改设“总理事务处”。原办军机事务的大臣，有的改为“协办总理事务”，有的回到了本任。然而，由于军机处对加强皇权的作用，使得年轻的弘历在废军机处两年后，又于1737年十一月谕令大学士鄂尔泰等仍办理军机事务。此后，军机处不但常设不废，而且处理的事务也越来越多，职权比雍正时都大。乾隆五十六年（1791年），议政王大臣会议废止后，内阁变成只办理例行事务的机构了。嘉庆年间，军机处日趋巩固，职权亦日趋发展扩大。同治初年，两宫皇太后“垂帘听政”，复设议政王，但这时的议政王是明令在军机处“行走”的，议政王与军机处同为一体，军机处的权限反而得到加强。至宣统三年（1911年）四月，清政府为君主立宪成立责任内阁，执政一百八十多年的军机处正式退出了历史舞台。

军机处原并非国家正式机关，清《会典》只称“办理军机处”，无公署，办公的地方不称衙署，仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”，开始仅有板屋几间，后来才改建瓦屋，军机章京的值房，最初有屋一间半，后来才有屋五间。可见，军机处建立初始是临时性质的机构，雍正、乾隆两朝会典，均未列军机处。虽如此，自雍正七年设军机处以来，除乾隆初中断两年外，就一直是独立于议政王大臣会议、内阁之外的一个常设机构。至嘉庆修会典时，始把军机处列为正式机关。

无论军机处是与不是正式的国家机关，它的职官都不是正式的专员，而是原官兼职，品秩都不低。军机处的职官有军机大臣与军机章京。军机大臣有“大军机”之称，军机章京俗称“小军机”。大军机重任在肩，是军机处职能的主要承办者，小军机主要负责撰拟文稿、记录、注档册等事务性工作，相当于现在的秘书之类。军机大臣由满、汉大学士、尚书、侍郎等兼任，兼任不再加品级和俸禄。军机大臣之任命，并无制度上的规范，完全出于皇帝的意志，以实现皇权专制为准。

清顺治以来，对亲王多加防范，大权相授非常慎重，但属于皇帝的亲信，又忠实可靠的，往往在军机处主其事，如雍正时的怡亲王允祥，嘉庆时的成亲王永王星，咸丰、道光年间的恭亲王奕忻、庆王奕、端王载漪等等，他们都是皇帝得心应手的工具，召之即来，挥之即去。他们的名次，约以官位高低及行走先后为序，也有经皇帝指定的。军机处设有领班一人，总揽一切。军机大臣虽是兼职，但奉旨承诏，指挥百官，其权力超越大学士。史称“世谓大学士非兼军机处不得为真宰相”。

可见，军机大臣地位之特殊。他们一般能文能武，出将入相，既熟悉部院事务，又能指挥军事，雍正时的鄂尔泰就是这样。他出身进士，先后任广西巡抚、云贵广西三省总督，1732年任保和殿大学士、兵部尚书，进而为军机大臣。满汉军机大臣都没有定额，根据《清史稿·军机大臣年表》的记载，初设军机处时为三人，以后则加到四、五人至八、九人，最多到十一人。军机章京虽不如军机大臣位高权重，也不同于各部院衙门的一般官员，他们接近权力中心，熟悉政情军务，容易得到升迁。所以，军机章京的选拔，慎重又严格，须“人品端方”，“年富力强”，“字画端楷”者，尤其注重“选庶官之敏慎者”（《枢垣记略》卷二二）。

军机处的特点是办理军政要务，“为办理枢务承写密旨之地，以严密为要，军机大臣传述朕旨，令章京缮写，均不应稍有泄漏”（《枢垣记略》卷一四）。皇帝召见军机大臣，太监均不得在侧，即使王以下文武满、汉大臣，没有皇帝“特旨”，均不得擅入军机处值班房。值班房的门前、窗外均不准闲人窥视。皇帝甚至派都察御史在军机处旁边监视，如发现问题可“参奏”，严惩不贷。军机大臣也不得结交外吏，防止结党营私。这样严密的防范，自然事涉皇权统治、国家利害的根本。

军机处初设时，所掌仅限军务，但后来事权逐渐扩大，以至军政大计，莫不总揽。据王昶《军机处题名记》所记:“内而六部卿寺及九门提督、内务府太监之敬事房，外而十五省、东北奉天、吉林、黑龙江将军所属，西南至伊犁叶尔羌将军、办事大臣所属，迄于四裔诸属国，有事无不综汇。”凡巡幸、谒陵、经筵、蠲赈与朝内侍郎以上，外省知府、总兵以上，黜陟调补，以及晓谕中外谕旨，称为“明发”；告诫臣工，指授方略，查核政事，纠正处理不当的刑狱，称为“寄信”（廷寄）。“明发”交内阁，转发部科；“寄信”密封交兵部驿马递送，注明日行三百里或四、五、六百里，以至八百里。内阁、翰林院撰拟不当，下军机处审定。军机大臣还被派往各地调查，处理各种重要事件等等。概括起来，军机处主要承办:

（一）为皇帝撰拟发布上谕。皇帝的上谕，或因官员奏请而下的谕旨，都有军机大臣秉承皇帝之意，拟写呈阅，经由皇帝审定以后，其中需要明示天下共知的，交与内阁明发，事关机密的或个别谕行的，由军机处密发，称廷寄或寄信。

（二）办理皇帝交议的大政。重大机要，皇帝不能裁决的，交由军机处议奏，或由军机处会同有关衙门议奏，随时为皇帝提供参考。

（三）参与文武官员的选任。京内外高级文武官员应升应补之人，由军机处提交名单，最后由皇帝筛选任用。

（四）考察行军路线及军备物资。根据军事需要，考察山川险要及兵马粮草，随时供皇帝查询。

（五）奉旨与有关部门共同处理重大案件。军机处奉旨可以会同刑部或其他部门审讯重大案件，共同酌定处理。

（六）以钦差身份到各地督察政务，处理各种重要事件并回奏皇帝。

从上述军机处的主要职掌来看，军机处确为“天下政务之总汇”。它从内阁分割出了部分重要权力，其实权超越了内阁，并完全取代了过去的议政王大臣会议。内阁成为只是办理例行事务的机构，一切军政大事均归于军机处处理。

军机大臣与皇帝在一起，出没于宫廷之间，每日都奉旨出政。皇帝行动所到的地方，军机大臣也无不随从在侧，随时发布谕旨，迅速批交官员办理，所发密旨不经其他衙门，没有繁多的手续，行事快捷，效率高，这就大大加强了王朝的统治效能，军机处确实成为清朝的中枢机构，正如《清史稿·军机大臣年表·序》中所说:“……军国大计，罔不总揽。自雍、乾后百八十年，威命所寄，不于内阁而于军机处，盖隐然执政之府矣。”

但军机处的权力体现的是皇帝的权力，是皇帝意志的实现，它并没有自己独立执掌的权力。每日承旨书谕，须经皇帝审阅同意，方可发出，议奏军政大计须合朕意，督察政务、审讯案件也须秉承皇帝的旨意，就连军机处的印信也收藏在“大内”，用时由军机章京亲到内奏事太监处“请印”，用完即刻送回。道光时，各处发往军机处的奏折必须先经皇帝之手之后，军机大臣才能阅览。

所以，军机处一直处在皇帝的严格控制之下，军机处的职官参与决策，但无最后决定权，只是皇帝得心应手的工具。它体现了清代皇权专制统治的高度发展，体现了我国封建社会末期封建专制主义强化的重要特点。