肃反运动的后果表现为三个方面，其一，这场政治运动给苏联社会造成了严重创伤，各个领域的社会精华均受到摧残，人们在生命安全和行动自由得不到法律保护的环境中精神受到极大压抑，而且，在保安机构滥用非法刑讯手段和特务手段的情况下，诬告、假供盛行，人格被扭曲，社会道德水平严重滑坡，其消极影响祸及几代人。在肃反运动中，滥捕无辜的行动大都在深夜进行，人人自危，风声鹤唳，神经高度紧张，生怕夜间有人敲自己家门。许多住在高楼上的人为免遭被捕后的严刑拷打和侮辱，在秘密警察敲门时，便纵身跳下，以死相抗。

其二，这场运动最终确立了高度中央集权体制的极端形式——斯大林个人专制。由于用持续数年的大规模镇压清除了从老布尔什维克到年轻一代干部中可能构成对自己权力挑战的对象，特别是整肃了在十七大上流露不满的代表和中央委员会，斯大林终于稳固了自己至高无上的地位，登上了权力金字塔的顶端。

凭借保安机构这一专政工具，斯大林得以不受法律制约，也不受党和政府机关的制约，完全将个人凌驾于党和国家之上，在党和国家的名义下实行个人专制统治。他手中不仅掌握全部政治权力和军事力量，而且把经济全部命脉都掌握在自己手里，使他能够不受监督地，随心所欲地支配全国的物质资源与财富。斯大林个人有权决定对外全部政策，他甚至把领导文学艺术和科学的权力全部集中在自己手里。从这个意义上说，肃反运动是苏联确立“斯大林模式”体制的最后一步。

第三，大规模的恐怖镇压给经济发展造成严重的障碍。由于成千上万的干部被镇压，生产在无组织状态下进行。因此1937年到1939年连续二年钢铁产量处于停滞状态。此时国际形势越来越险恶，苏联面临被侵略的危险。