由于存在对斯大林的个人崇拜，领袖的意志可以凌驾于法制之上，在这次肃反运动中，许多人无辜遭到迫害。据估计，在诬陷为与人民敌人同谋，破坏间谍活动，预谋进行恐怖行为等形形色色的罪名之下，这次大清洗使500万人受到牵连，30——40万人被处决。1936年——1939年，有一半以上的党员，即120万人被逮捕。出席第十七次党代会的1966名代表中有1108人（即半数以上）被捕，联共（布）十七大选出的139名中央委员和候补委员中有98名（即70％）被逮捕和处决。17名政治局委员和候补委员中，除基洛夫外，有5人被杀。十一大上选举的中央委员会的26名中央委员中有17名被处决或流放。

苏维埃和政府机构也遭到“大清洗”运动的沉重打击，1937——1938年间被捕并处决的部人民委员就有17人，加上他们的副手和下属，数量还要翻几倍。从1919年至1935年的31名政治局委员中，有20人惨死。在中央委员地区和省一级的党委书记以及基层党组织的书记中，这类情况更是严重。被捕的大多数党员未经公开审判，甚至未经任何审判，就被处死或流放。